Question

我是新用户，我遇到以下问题：

我有两列数据。第一列包含标记，第二列包含基因型。每种基因型都有4个标记。因此，我在第一列中有4倍基因型1的名称和4个标记，然后基因型2跟随完全相同的4个标记，依此类推。但是我希望一列中的标记和每一个单独的列中的genoytpes，所以我可以比较genoytypes中的标记。我不知道我怎么做。

G1有4个标记，G2有4个标记等：

-Marker Genotype
M1  G1
M2  G1
M3  G1
M4  G1
M1  G2
M2  G2
M3  G2
M4  G2
M1  G3
M2  G3
M3  G3
M4  G3

我希望R对此：

Marker  G1  G2  G3
M1  AA  AA  GG
M2  TT  GG  CC
M3  GG  AA  AA
M4  CC  TT  GG

将每个基因型放在一列中，以便比较标记非常容易。

有人明白这是如何运作的吗？

非常感谢提前。玛丽

Answer 1

你想要某种cast。例如

require(reshape2)

indata <- data.frame(  Marker = rep(c("M1","M2","M3","M4"), 3),
     Genotype = rep(c("G1","G2","G3"), each=4),
     value = c("AA","TT","GG","CC","AA","GG","AA","TT","GG","CC","AA","GG") )

outdata <- dcast(indata, Marker ~ Genotype)

将带你从

> indata
   Marker Genotype value
1      M1       G1    AA
2      M2       G1    TT
3      M3       G1    GG
4      M4       G1    CC
5      M1       G2    AA
6      M2       G2    GG
7      M3       G2    AA
8      M4       G2    TT
9      M1       G3    GG
10     M2       G3    CC
11     M3       G3    AA
12     M4       G3    GG

到

> outdata
  Marker G1 G2 G3
1     M1 AA AA GG
2     M2 TT GG CC
3     M3 GG AA AA
4     M4 CC TT GG

将一列中的数据数据转换为多列

1 个答案: