子组的密度图

Question

抱歉打扰你。我有一个大数据框，如下所示：

  

GeneSymbol Sample1 Sample2 Sample3 Sample4

 A         value1  value2  value3  value4
 A         value12 value22 value32 value42
 B          ecc      ecc
 B
 B
 B
 C
 C
 C

我想按组和行（行）绘制密度函数。例如： 对于A组，两个密度图因为有两个元素属于A组; 对于B组，4个密度图，因为有4个元素属于B组，ecc。 有没有简单的方法呢？

非常感谢你的帮助！

爱莲

Answer 1

您可以使用dplyr和ggplot2软件包的组合来绘制案例的密度图。

首先，您要排列基因符号并编号。将数据框从宽格式转换为窄格式后，因此样本编号将在单独的列中。对于该操作，您正在使用gather函数。

要进行绘制，可以使用ggplot和密度几何，然后将数据绘制为2D数组（3x3）。

请参见下面的仿真，数据准备和绘图代码。

# Simulation
# Data frame: 3 Gene symbols and 100 Variables
set.seed(123)
m <- matrix(rnorm(9 * 100), nrow = 9)
df <- data.frame(
  sample(LETTERS[1:3], 9, replace = TRUE),
  m
)
names(df) <- c("GeneSymbol", paste0("Sample", 1:100))

# Plotting
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)

df <- df %>% 
  arrange(GeneSymbol) %>%  
  mutate(GeneSymbol = paste0(GeneSymbol, 1:n())) %>%
  gather(sampl_no, value, - GeneSymbol)

ggplot(df, aes(value)) +
  geom_density() +
  ggplot2::facet_wrap(~GeneSymbol, ncol = 3)

输出：