Question

我在学习R时写了一个包，它的依赖列表很长。在两种情况下，我试图将其削减：

我转而使用其他方法，Suggests中列出的软件包根本就没用过。
我的整个软件包中只有一个函数依赖于给定的依赖项，我想切换到loaded only when needed.

是否有自动跟踪这两种情况的方法？我可以想到两个粗略的方法（下载所有依赖包中的函数列表，并通过我的包的代码自动搜索它们，或者加载包函数而不加载所需的包并执行直到那里＆＃39 ;是一个错误），但似乎都不是特别优雅或万无一失......

Answer 1

检查所有函数中的依赖项的一种方法是使用字节编译器，因为它将检查全局工作空间中可用的函数，并在未找到所述函数时发出通知。

因此，如果您作为示例在任何函数中使用zoo包中的na.locf函数，然后对您的函数进行字节编译，您将得到如下消息：

Note: no visible global function definition for 'na.locf'

要正确地解决它以进行字节编译，您必须将其写为zoo :: na.locf

所以快速测试库/包中的所有R函数你可以做这样的事情（假设你没有用命名空间编写对其他函数的调用）：

假设带有这些函数的R文件位于C：\ SomeLibrary \或其子文件夹中，然后将源文件定义为C：\ SomeLibrary.r或类似的包含：

if (!(as.numeric(R.Version()$major) >=2 && as.numeric(R.Version()$minor) >= 14.0)) {
        stop("SomeLibrary needs version 2.14.0 or greater.")
}

if ("SomeLibrary" %in% search()) {
        detach("SomeLibrary")
}

currentlyInWorkspace <- ls()

SomeLibrary <- new.env(parent=globalenv())

require("compiler",quietly=TRUE)

pathToLoad <- "C:/SomeLibraryFiles"

filesToSource <- file.path(pathToLoad,dir(pathToLoad,recursive=TRUE)[grepl(".*[\\.R|\\.r].*",dir(pathToLoad,recursive=TRUE))])

for (filename in filesToSource) {

        tryCatch({
                suppressWarnings(sys.source(filename, envir=SomeLibrary))
        },error=function(ex) {
                cat("Failed to source: ",filename,"\n")
                print(ex)
        })
}

for(SomeLibraryFunction in ls(SomeLibrary)) {
        if (class(get(SomeLibraryFunction,envir=SomeLibrary))=="function") {
                outText <- capture.output(with(SomeLibrary,assign(SomeLibraryFunction,cmpfun(get(SomeLibraryFunction)))))
                if(length(outText)>0){
                        cat("The function ",SomeLibraryFunction," produced the following compile note(s):\n")
                        cat(outText,sep="\n")
                        cat("\n")
                }
        }
}

attach(SomeLibrary)

rm(list=ls()[!ls() %in% currentlyInWorkspace])

invisible(gc(verbose=FALSE,reset=TRUE))

然后启动R，没有预加载的包和源代码在C：\ SomeLibrary.r

然后，您应该从cmpfun获取对包中的函数的任何调用的注释，该包不是基本包的一部分，并且没有定义完全限定的命名空间。

搜索所有现有函数以获取包依赖性？

1 个答案: