Question

这是How do I average column values from a tab-separated data file, ignoring a header row and the left column?的后续行动。任务是：打开并读取文件;到达每一行，将内容分成一个数组，并计算数值的平均值;最后写入一个新文件，包含每个包含数值的列的平均值。

直到最后一点，所有人似乎都很好。问题是，虽然我可以创建一个新的.txt文件，但.txt文件本身没有输出中打印的内容。最好，作为Perl的新用户，我更喜欢将脚本保持在下面写的样式中，以便我能更好地理解它。对于可能存在的更简洁的版本，我不是很好。感谢jchips12非常有帮助。

无论如何，代码是：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
my $infile = "Lab1_table.txt"; # This is the file path
open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!";
my $outfile = "Lab1_tableoutput.txt";
open OUTFILE, ">$outfile" or die "Cannot open $outfile: $!";

my $count = 0;
my @header = ();
my @average = ();

while (<INFILE>) {
    chomp;
    my @columns = split /\t/;
    $count++;
    if ( $count == 1 ) {
        @header = @columns;
    } else {
        for( my $i = 1; $i < scalar @columns; $i++ ) {
            $average[$i] += $columns[$i];
        }
    }
}

for( my $i = 1; $i < scalar @average; $i++ ) {
    print $average[$i]/($count-1), "\n";
}

print OUTFILE "\n";
close OUTFILE;

数据来自文件Lab1_table.txt，如下所示：

retrovirus      genome  gag     pol     env
HIV-1           9181    1503    3006    2571
FIV             9474    1353    2993    2571
KoRV            8431    1566    3384    1980
GaLV            8088    1563    3498    2058
PERV            8072    1560    3621    1532

结果产生正确的平均值，虽然在终端中有点乱，但它们没有标记对应于任何列号/名称。此外，生成.txt文件，但没有输出。

结果如下：

Argument "" isn't numeric in addition (+) at line 25, <INFILE> line X
0
8649.2
1509
3300.4
2142.4

***Line X: Where X is either 2, 3, 4, 5, or 6.***

由此我可以推断出“Argument”错误指的是5个标题列，而0指的是唯一具有非数字值的列。

帮助将文件写入.txt文件，或者以某种方式我可以读取命令行中显示的输出将非常感激。此外，虽然我隐约知道代码的每一步发生了什么，但如果可能的话，我会更加深入了解大多数步骤中发生的事情。我还在读它，但是我希望能够清楚地理解更精细的细节。

Answer 1

为每行指定评论以便您清楚了解

#!/usr/bin/perl -w 
use strict; 
use warnings;

my $infile = "Lab1_table.txt";                         # input file path 
open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!";  # input file opened
my $outfile = "Lab1_tableoutput.txt";                  # output file path
open OUTFILE, ">$outfile" or die "Cannot open $outfile: $!"; # output file opened

my $count = 0;              # count variable to check for header row in file 
my @header = ();            # variable to store headers/column names of file
my @average = ();           # variable to store average calculated for each column

while (<INFILE>) {    
 chomp;
 my @columns = split /\s+/;   # \s stands for  [\ \t\r\n\f]
 $count++;    

 if ( $count == 1 ) {         
                    @header = @columns;      # executed only once for header 
      } 
 else {                                       # else column executed for remaining rows
        for( my $i = 1; $i < scalar @columns; $i++ ) {  # $i=1 means skip first column
              $average[$i] += $columns[$i];      # calcuate average for each row   
          }
      }
} 
for( my $i = 1; $i < scalar @average; $i++ ) {     

    print OUTFILE $average[$i]/($count-1), "\n";  # This will write to output file

    }     
close OUTFILE;

使用print OUTFILE $average[$i]/($count-1), "\n";写入文件。

错误Argument "" isn't numeric in addition (+) at line 25, <INFILE> line X可能是您正在添加的列中的值，任何机会都有字符串而不是数字。检查您的输入文件。

注意：我没有达到错误。上面的数据运行顺畅。但是如果我将数字中的一个更改为字符串，我会收到此错误。

为什么在输出文件中看不到计算结果？

1 个答案: