在R中，使用二项式（）和lapply来约束0（1）之间的predict（）值

Question

我有一个GLM，family = binomial（link = logit）模型，我在predict（）函数中应用，如下所示。预测值超过零和1，但我希望将它们保持为概率。所以我使用了binomial（）$ inverse命令，然后可以在apply函数中使用它。

第一次运行它时效果很好，但在关闭R并再次启动后，我现在收到此错误：

     Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
     object 'ilogit' of mode 'function' was not found"

我一直在努力工作几个小时，因为这段代码通常有效。有没有人知道我做错了什么？有没有更好的方法呢？

我的代码如下。我也尝试了其他的变化，但无法让它发挥作用。

    ## predicted probabilities 
    pp <- predict(logit_model,
            newdata=data,
            type="link",
            se.fit=T)

   ilogit <- binomial()$inverse
   yhat_prob <- lapply(pp,ilogit) #converts to probabilities

Answer 1

如果您需要概率，可以直接使用type="response"，如文档?pregict.glm中所述。

对于您收到的错误消息，您可能需要binomial()$linkinv。

> str( binomial() )
List of 12
 $ family    : chr "binomial"
 $ link      : chr "logit"
 $ linkfun   :function (mu)  
 $ linkinv   :function (eta)  
 $ variance  :function (mu)  
 ...

缺少错误可能是由于您加载了一些软件包，它定义了ilogit函数。