Question

我编写了一个函数，它沿轴绘制多条线，将它们重叠在一起。下面是代码，示例表及其生成的图像。

情节大部分都是我正在寻找的东西，但有些东西（按重要性排序）：

绘制片段是一个非常缓慢的过程：每0.5秒约1个片段。考虑到它们只是线条，我期待更快。我不知道原因。我知道R中的显式循环可能很慢，所以可能是这样，或者我应该以某种方式在屏幕外绘图，然后将绘图推送到屏幕之后？找到一种绘制这种地图的时间效率方法非常重要，因为我的表格很容易就可以长达数万行。
无论Y位置的数量如何，我都找不到将y位置之间的间隙指定为固定距离的方法。在极端情况下，仅绘制两个线段会产生一个区域，这些区段彼此之间的距离非常远。

任何人都可以帮助我解决这些问题（或者其他任何我可以做得更好的事情）吗？

（在此代码中读取==段）

功能：

viewReads <- function(reads){
    # sort by start
    sorted <- reads[order(reads$start),];

    #---
    # In the first iteration we work out the y-axis
    # positions that segments should be plotted on
    # segments should be plotted on the next availible
    # y position without merging with another segment
    #---
    yread <- c(); #keeps track of the x space that is used up by segments 

    # get x axis limits
    minstart <- min(sorted$start);
    maxend <- max(sorted$end);

    # initialise yread
    yread[1] <- minstart - 1;
    ypos <- c(); #holds the y pos of the ith segment

    # for each read
    for (r in 1:nrow(sorted)){
        read <- sorted[r,];
        start <- read$start;
        placed <- FALSE;

        # iterate through yread to find the next availible
        # y pos at this x pos (start)
        y <- 1;
        while(!placed){

            if(yread[y] < start){
                ypos[r] <- y;
                yread[y] <- read$end;
                placed <- TRUE;
            } 

            # current y pos is used by another segment, increment
            y <- y + 1;
            # initialize another y pos if we're at the end of the list
            if(y > length(yread)){
                yread[y] <- minstart-1;
            }
        }
    } 

    # find the maximum y pos that is used to size up the plot
    maxy <- length(yread);
    sorted$ypos <- ypos;

    # Now we have all the information, start the plot
    plot.new();
    plot.window(xlim=c(minstart, maxend+((maxend-minstart)/10)), ylim=c(1,maxy));
    axis(3);

    #---
    # This second iteration plots the segments using the found y pos and 
    # the start and end values
    #---
    for (r in 1:nrow(sorted)){
        read <- sorted[r,];
        # colour dependent on strand type
        if(read$strand == '+'){
            color = 'blue'
         }else{
            color = 'red'
         } 
        #plot this segment!
        segments(read$start, maxy-read$ypos, read$end, maxy-read$ypos, col=color);
    }
}

示例代码：

start   end strand
86  115 +
87  115 +
91  116 +
88  117 +
91  117 +
98  125 -
104 131 +
104 131 +
106 132 -
104 134 +
104 134 +
104 134 +
106 134 +
106 134 +
106 134 +
106 134 +
106 134 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
109 135 +
116 135 -
106 136 +
106 136 +
106 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 137 +
108 137 +
109 137 -
108 138 +
108 138 +
108 138 +
108 138 +
112 138 +
112 139 +
119 141 +
116 143 +
121 145 +
127 145 -
119 146 +
121 148 +
142 169 -
142 169 -
160 185 -
162 185 -
165 185 -

结果：

My graph

Answer 1

抱歉，我没有时间处理一个可行的示例，但segments()（以及其他功能，如polygons()，points()等可以将其参数作为向量，这样你就可以在一个函数调用中完成所有绘图。通常在绘图之前准备参数（如果需要，可以apply()或循环），这比重复调用这些绘图函数要快。在这篇文章中：Plotting a rather complex chart using R and axis break()提供了这种方法的完整示例。您肯定能够将此应用于您的情况。祝您好运！（并感谢您告诉我回答）

R：使用segment函数绘制堆叠线的地图

1 个答案: