Question

我将首先展示我到目前为止的代码：

def err(em):
    print(em)
    exit

def rF(f):
    s = ""
    try:
        fh = open(f, 'r')
    except IOError:
        e = "Could not open the file: " + f
        err(e)

    try:
        with fh as ff:
            next(ff)
            for l in ff:
                if ">" in l:
                    next(ff)
                else:
                    s += l.replace('\n','').replace('\t','').replace('\r','')
    except:
        e = "Unknown Exception"
        err(e)
    fh.close()
    return s

出于某种原因，每当我尝试通过键入来读取文件时，python shell（我使用的是3.2.2）就会冻结：

rF("mycobacterium_bovis.fasta")

rF函数中的条件是防止读取以“＆gt;”开头的每一行令牌。这些行不是DNA / RNA代码（这是我试图从这些文件中读取的内容），应该忽略。

我希望有人可以帮我解决这个问题，我没有看到我的错误。

按照惯例，提前多多感谢！

修改 * 问题仍然存在！ * 这是我现在使用的代码，我删除了错误处理，无论如何，无论何时尝试读取文件时shell都会冻结。这是我现在的代码：

def rF(f):
    s = ""
      try:
          fh = open(f, 'r')
    except IOError:
        print("Err")

    try:
        with fh as ff:
            next(ff)
            for l in ff:
                if ">" in l:
                    next(ff)
                else:
                    s += l.replace('\n','').replace('\t','').replace('\r','')
    except:
        print("Err")

    fh.close()
    return s

Answer 1

您没有定义e 所以你会得到一个被裸except:隐藏的NameError。

这就是为什么指定例外是好的和健康的，例如：

try: 
    print(e)
except NameError as e: 
    print(e)

在像你这样的情况下，当你不一定知道异常是什么时，你应该至少使用this method of displaying information about the error：

import sys
try:
    print(e)
except: # catch *all* exceptions
    e = sys.exc_info()[1]
    print(e)

使用您发布的原始代码，会打印以下内容：

name 'e' is not defined

根据更新的信息进行编辑：
如果你有一个大文件，那么连接这样的字符串会很慢考虑将过滤后的信息写入另一个文件，例如：

def rF(f):
  with open(f,'r') as fin, open('outfile','w') as fou:
    next(fin)
    for l in fin:
      if ">" in l:
        next(fin)
      else:
        fou.write(l.replace('\n','').replace('\t','').replace('\r',''))

我已经测试过上面的代码是基于这里列出的格式规范在FASTA文件上运行的：http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format在linux2上使用Python 3.2.2 [GCC 4.6.1]。

一些建议：

从小处开始。得到一个简单的工作，然后添加一个步骤。
在问题点添加print()语句。

另外，请考虑包含有关您尝试解析的文件内容的更多信息。这可能会让我们更容易提供帮助。

Python shell在读取（fasta）文件时冻结

1 个答案: