Question

我正在尝试使用roxygen2记录R包中的一些数据集。仅考虑其中一个：

我有mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
，其中包含名为CpG.human.GRCh37

和一个名为mypkg/R/cpg-data.R的文件，其中包含：

#' @name CpG.human.GRCh37
#' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19
#' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands,
#' with coordinates based on the GRCh37 / hg19 genome build.
#' @docType data
#' @usage CpG.human.GRCh37
#' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.
#' @source UCSC Table Browser
#' @author Mark Cowley, 2012-03-05
#' @export
NULL

当我进行roxygenize时，会创建mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd，其中包含：

    \docType{data}
    \name{CpG.human.GRCh37}
    \alias{CpG.human.GRCh37}
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
    \source{
      UCSC Table Browser
    }
    \description{
      This data set list the genomic locations of human CpG
      islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
      genome build.
    }
    \author{
      Mark Cowley, 2012-03-05
    }
    \usage{CpG.human.GRCh37}
    \keyword{datasets}

和export(CpG.human.GRCh37)添加了NAMESPACE文件。

但是当我R CMD CHECK时，我得到了：

...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
  undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...

我告诉R在哪里可以找到这个数据集，尽管我认为mypkg/data/<name>.RDa是一个很好的第一个猜测。任何提示都会很棒。

如果Hadley正在观看，我注意到没有创建\ usage部分，并且忽略了@usage指令。

我在R 2.13.1上使用roxygen-2.2.2

Answer 1

这需要2个修复：

正如Writing R extensions 1.1.5 Data in packages中所述，将对象保存为.rda而不是.RDa
从Roxygen中删除@export

使用roxygen2记录数据集

1 个答案: