在命令bash终端中使用R with

Question

我在特定目录中有一组文件* .txt。我编写了一个名为.r的{​​{1}}文件代码，其中包含一个读取，处理数据并将结果写入输出文件的唯一函数。

功能如下：

SampleStatus.r

我想使用format_windpro(import_file="in.txt", export_file="out.txt") 命令使用我的R文件读取和计算一个命令中的每个文件。

Answer 1

使用Rscript。示例代码：

for f in ${INPUT_DIR}/*.txt; do \
    base=$(basename $f) \
    Rscript SampleStatus.R $f ${OUTPUT_DIR}/$base \
done

在你的SampleStatus.R中处理命令行参数时如下：

#!/usr/bin/env Rscript

# ...

argv <- commandArgs(T)

# error checking...

import_file <- argv[1]
export_file <- argv[2]

# your function call
format_windpro(import_file, export_file)