Question

这是我的代码

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, inputseq) 
{

starts = seq(1, length(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
n = length(starts)
chunkGs = numeric(n)
chunkAs = numeric(n)
chunkTs = numeric(n)
chunkCs = numeric(n)
for (i in 1:n) { 
    chunk = windowsize[starts[i]:(starts[i]+9999)]
    chunkG = sum("g" == chunk)/length(chunk)
    chunkA = sum("a" == chunk)/length(chunk)
    chunkT = sum("t" == chunk)/length(chunk)
    chunkC = sum("c" == chunk)/length(chunk)
  chunkGs[i] = chunkG
    chunkAs[i] = chunkA
  chunkTs[i] = chunkT
  chunkCs[i] = chunkC
}   
plot(starts,chunkGs,type="b",ylim=c(min(min(chunkAs),min(chunkTs),min(chunkCs),min(chunkGs)),max(max(chunkAs),max(chunkTs),max(chunkCs),max(chunkGs))),col = "red")
points(starts,chunkTs,col = "blue")
points(starts,chunkAs,col = "green")
points(starts,chunkCs)

}

我收到以下错误消息，

Error in seq.default(1, length(inputseq) - windowsize, by = windowsize) : 
  wrong sign in 'by' argument

这是我在运行此类代码之前从未得过的，事实上我重新运行以前运行良好的旧代码，除了这次我得到的这个错误消息似乎没有任何意义！在我完全疯了之前我需要帮助...也许我只是在这个程序上很糟糕，但在我看来它有自己的想法...我在关于ylim函数之前也收到了一条错误信息，声明它需要是一个有限的值，这就是我给它的东西？ HELP !!!

Answer 1

更改

starts = seq(1, length(inputseq)-windowsize, by = windowsize)

到

starts = seq(1, nchar(inputseq)-windowsize, by = windowsize)

假设您使用字符向量作为inputseq，例如

slidingwindowplotATGC(3, "ATAGACGATACGATACCCCGAGGGTAGGTA")

ETA：除了这种差异之外，你如何使用角色向量还有一些非常严重的问题。例如：

 windowsize[starts[i]:(starts[i]+9999)]

为什么看起来你正在从windowsize中选择，这只是你窗口大小的整数？您是否尝试从inputseq中进行选择？
即使您从inputseq中选择，这样做的方法是substr(inputseq, start, stop)
starts[i]+9999来自哪里？你的意思是starts[i]+windowsize？

您应该重新开始并仔细考虑您要做的事情，并在R中学习正确的工具。

ETA：这是对你要做的事情的拟议改写（你需要先安装动物园包）：

library(zoo)

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, inputseq) 
{
    print(nchar(inputseq)-windowsize)
    s = strsplit(inputseq, "")[[1]]
    starts = seq(1, nchar(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
    n = length(starts)
    letters = c("a", "c", "g", "t")
    colors = c("green", "black", "red", "blue")
    counts = t(sapply(letters, function(l) rollapply(s, windowsize, function(x) mean(x == l))))
    plot(counts[1, ], type="l", col=colors[1])
    for (i in 2:4) {
        points(counts[i, ], type="l", col=colors[i])
    }
    print(counts)
}

slidingwindowplotATGC(10, "aagaaaagatcaaagaccagccgccccaccccccagagccccccc")

这应该可以帮助你完成大部分工作。在那之后，你自己; - ）

Answer 2

进一步凝结。您需要分别指定windowsize（窗口宽度）和by（采样周期），尽管我认为您希望它们相同（即将序列切换为独占）块） - 如果你想要一个滑动窗口，你可以使用by=1。

您上面看到的错误最有可能发生，因为某些原因windowsize大于nchar(inputseq)。

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, by, inputseq) {
  s = strsplit(inputseq, "")[[1]]
  colors = c("green", "black", "red", "blue")
  counts =  rollapply(factor(s), width=windowsize, by=by,table)
  matplot(counts,type="l", lty=1,col=colors)
  counts
}

itest <- "aagaaaagatcaaagaccagccgccccaccccccagagccccccc"
slidingwindowplotATGC(10, itest)

您还应该检查Bioconductor - 在某处可以使用有效的代码进行此类摘要。

在R 2.14.1中，'by'参数的错误签名是什么意思？

2 个答案: