Question

我无法将stdin传递给R脚本。

这是我的玩具脚本test.R：

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines('stdin', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

我想浏览每一行并进行一些处理。这是我的输入文件input：

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

如果我这样做

cat input | test.R

我只得到：

aaaaaa

我错过了什么吗？

Answer 1

如果明确打开stdin连接，则不会发生这种情况。

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

Answer 2

杰夫和我写了littler来做这件事（以及其他一些事情）。由于littler，我从来没有仔细看过Rscript - 但这应该原则上工作得很好。

以下是我们早期的一个示例，使用/bin/ls的输出（以及awk的快速过滤器）来总结文件大小：

edd@max:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | \
                                    awk '!/^total/ {print $5}' | ./fsizes.r 
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
      24   130300   730700  3336000  4527000 14670000 

  The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |

   0 | 0000000000000011111111122777777777
   2 | 777777777
   4 | 555577777
   6 | 
   8 | 
  10 | 
  12 | 5
  14 | 24466677

edd@max:~/svn/littler/examples$

这里的脚本fsizes.r只有三行：

edd@max:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r 
#!/usr/bin/r -i

fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
edd@max:~/svn/littler/examples$

Answer 3

这是我最简单的found（假设数字输入）：

x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE)

您可以使用以下方式进行测试：

$ echo -e "1\n2\n3" | R --slave -e 'x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE); summary(x)'
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
    1.0     1.5     2.0     2.0     2.5     3.0

管道stdin到R

3 个答案: