将DICOM转换为TIFF

Question

我是Python的新手，请原谅我的无知如果我没有正确的信息。我正在尝试通过目录栅格并将所有DICOM文件转换为TIFF文件。我已经获得了搜索功能，但我很难将图像保存为TIFF。我正在使用pydicom库来读取DICOM并操纵头信息。另外，我尝试使用pydicom中的save_as函数保存到TIFF，但我宁愿使用PIL中的save函数来正确设置TIFF的压缩。我认为问题在于我不能/不理解如何从DICOM中提取实际图像数据并将其放在新图像中。非常感谢任何帮助...干杯

Python 2.7 PIL 1.1.7 Pydicom 0.9.6

Answer 1

在某个时间回到同一个查询的网上找到答案，虽然我不记得该网站，但是当我将其应用到我的代码中时，也在这里为其他人分享：

 import pylab
 import dicom
 ImageFile=dicom.read_file(<SourceFilePath>) #Path to "*.dcm" file
 pylab.imshow(ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone) #to view image

或者如果您想保存图像，请改为使用：      pylab.imsave('<DestinationFilePath>',ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone)

默认情况下，imsave会以 .png 格式保存图片。如果支持，您可以在imsave()中指定所需的格式。

希望它有用。

Answer 2

如果您知道如何使用PIL将图片数据保存为.tiff，this example应该可以帮助您将图片数据从pydicom传递到PIL（还有更多here in the comments）。