ggplot2中的强大标准错误

时间:2012-02-13 12:45:13

标签: r ggplot2 predict standard-error

我想用ggplot2绘制一个模型。我估计了一个稳健的方差 - 协方差矩阵,我想在估计置信区间时使用它。

我可以告诉ggplot2使用我的VCOV,或者,我可以以某种方式强迫predict.lm使用我的VCOV矩阵吗?一个虚拟的例子:

source("http://people.su.se/~ma/clmclx.R")
df <- data.frame(x1 = rnorm(100), x2 = rnorm(100), y = rnorm(100), group = as.factor(sample(1:10, 100, replace=T))) 
lm1 <- lm(y ~ x1 + x2, data = df)
coeftest(lm1)
## outputs coef.test, but can be modified to output VCOV
clx(lm1, 1, df$group)

如果我可以通过增强的VCOV矩阵得到“正确的”预测,那么添加到ggplot会相对容易。

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

只有标准错误而非预测才会改变 - 对吧?

getvcov <- function(fm,dfcw,cluster) {
  library(sandwich);library(lmtest)
  M <- length(unique(cluster))   
  N <- length(cluster)           
  K <- fm$rank                        
  dfc <- (M/(M-1))*((N-1)/(N-K))  
  uj  <- apply(estfun(fm),2, function(x) tapply(x, cluster, sum));
  dfc*sandwich(fm, meat=crossprod(uj)/N)*dfcw
}

V <- getvcov(lm1,1,df$group)
X <- as.matrix(model.frame(lm1))
se <- predict(lm1,se=TRUE)$se.fit
se_robust <- sqrt(diag(X %*% V %*% t(X)))