我想用ggplot2绘制一个模型。我估计了一个稳健的方差 - 协方差矩阵,我想在估计置信区间时使用它。
我可以告诉ggplot2使用我的VCOV,或者,我可以以某种方式强迫predict.lm使用我的VCOV矩阵吗?一个虚拟的例子:
source("http://people.su.se/~ma/clmclx.R")
df <- data.frame(x1 = rnorm(100), x2 = rnorm(100), y = rnorm(100), group = as.factor(sample(1:10, 100, replace=T)))
lm1 <- lm(y ~ x1 + x2, data = df)
coeftest(lm1)
## outputs coef.test, but can be modified to output VCOV
clx(lm1, 1, df$group)
如果我可以通过增强的VCOV矩阵得到“正确的”预测,那么添加到ggplot会相对容易。
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只有标准错误而非预测才会改变 - 对吧?
getvcov <- function(fm,dfcw,cluster) {
library(sandwich);library(lmtest)
M <- length(unique(cluster))
N <- length(cluster)
K <- fm$rank
dfc <- (M/(M-1))*((N-1)/(N-K))
uj <- apply(estfun(fm),2, function(x) tapply(x, cluster, sum));
dfc*sandwich(fm, meat=crossprod(uj)/N)*dfcw
}
V <- getvcov(lm1,1,df$group)
X <- as.matrix(model.frame(lm1))
se <- predict(lm1,se=TRUE)$se.fit
se_robust <- sqrt(diag(X %*% V %*% t(X)))