Question

我的查询构建存在问题......

我有一个表，其中包含行：name，start，end，ref，alt，patientNo。示例数据如下所示：

chr1, 10, 10, A, B, 9999;
chr1, 12, 12, B, A, 9999;
chr1, 18, 18, A, B, 9999;
chr1, 29, 29, C, B, 9999;
chr1, 10, 10, A, A, 8888;
chr1, 12, 12, A, B, 8888;
chr2, 18, 18, D, C, 8888;
chr2, 29, 29, A, B, 8888;

结束......

我需要构建一个查询，比较彼此之间的患者。即： if（患者9999的chr1，start，end，alt）=（患者8888的chr1，start，end，alt）回来......

任何想法如何建立这样的查询？感谢

编辑：

好的，我还有问题。我有10个CSV文件，其中包含患者的基因组数据。每个文件包含大约70000行。我将CSV文件中的数据放入MySQL数据库（因此我的数据库包含一个包含700000行的表）。

现在我需要过滤这些数据。有很多列，例如：名称（varchar），开始（int），结束（int），参考（varchar）， alt （varchar）， patientNo （varchar）。一个示例声明：SELECT name, start, end, ref, alt, patientNo FROM mytable;返回以下数据：

chr1, 10, 10, A, C, 9999;
chr1, 12, 12, T, T, 9999;
chr2, 18, 18, A, T, 9999;
chr2, 29, 29, C, C, 9999;
chr3, 10, 10, A, G, 9999;
chr3, 12, 12, A, C, 9999;
chr1, 18, 18, G, C, 8888;
chr2, 29, 29, A, G, 8888;
chr2, 10, 10, A, G, 8888;
chr3, 12, 12, G, A, 8888;
chr1, 18, 18, A, G, 666z;
chr2, 29, 29, C, G, 666z;
chr3, 10, 10, A, A, 666z;
chr4, 12, 12, A, G, 666z;
chr5, 18, 18, T, C, 666z;
chr1, 29, 29, A, G, 44a4;
chr1, 10, 10, A, G, 44a4;
chr2, 12, 12, G, A, 44a4;
chr2, 18, 18, A, G, 44a4;
chr1, 29, 29, C, G, 3333;
chr1, 10, 10, A, A, 3333;
chr1, 12, 12, A, G, 3333;
chr1, 18, 18, T, C, 3333;
chr2, 29, 29, A, G, 3333;

我需要在 alt 列中提取具有唯一字母的行，在名称和开始位置， alt 信，这对患者来说是独一无二的。如果我加入专栏

SELECT p1.name, p1.start, p1.alt, p2.alt, p3.alt, p4.alt, p5.alt 
FROM mytable p1, mytable p2, mytable p3, mytable p4, mytable p5 
WHERE ( p1.patientNo = "9999" and p2.patientNo = "8888" and 
        p3.patientNo = "666z" and p4.patientNo = "44a4" and
        p5.patientNo = "3333") ;

我考虑结果，例如：

chr1 10 A A A A A
chr1 13 G G G G G
chr2 17 A A G A A
chr2 19 A A G G A
chr3 38 A C A T T

这意味着：

在位置start = 10时，每个患者p1，p2，p3，p4，p5都有一个A字母。我们跳过这一行很好
与start posiotion 13相同。
在位置start = 17，患者p3有唯一字母G，所以我们将此行放入结果表
在下一行（19）中没有唯一的字母，我们跳过它。
在行（38）中，“C”是一个唯一的字母，因此我们将患者p2放入结果表。

最后，上面示例的结果应如下所示：

chr2, 17, G, 666z
chr3, 19, C, 8888

是否可以构造一个查询，从原始表中返回这样的结果？

Answer 1

SELECT a.name, a.start, a.end, a.alt, a.patientNo,
    b.name, b.start, b.end, b.alt, b.patientNo
FROM patient AS a, patient AS b
WHERE a.name = b.name
AND a.start = b.start
AND a.end = b.end
AND a.alt = b.alt
AND a.patientNo < b.patientNo
ORDER by a.name

使用以下表格：

SELECT <Columns> FROM <Table(s)> WHERE <Condition> ORDER BY <Columns>

Answer 2

没试过，但请看：

SELECT p1.*, p2.* FROM tablePatients p1, tablePatients p2 WHERE p1.chr1 = p2.chr1  AND p1.start = p1.start AND p1.end = p2.end AND p1.ref = p2.ref AND p1.alt = p2.alt

MySQL，将一个表的两个子集连接在一起

编辑：

2 个答案: