在ggplot2堆积条形图中按大小排序堆栈

Question

所以我有一些数据，我在下面作为例子采样：

Sequence  Abundance   Length
CAGTG    3       25
CGCTG    82      23
GGGAC    4       25
CTATC    16      23
CTTGA    14      25
CAAGG    9       24
GTAAT    5       24
ACGAA    32      22
TCGGA    10      22
TAGGC    30      21
TGCCG    25      21
TCCGG    2       21
CGCCT    22      24
TTGGC    4       22
ATTCC    4       23

我只是在这里显示每个序列的前4个单词，但实际上它们的长度是“长度”。我正在查看我在这里的每个大小类的序列的丰富程度。另外，我想要想象一个特定序列在其大小等级中所代表的丰度比例。目前，我可以制作这样的堆积条形图：

ggplot(tab, aes(x=Length, y=Abundance, fill=Sequence)) 
  + geom_bar(stat='identity') 
  + opts(legend.position="none")

对于这样的小数据集来说这很好，但我的实际数据集中有大约170万行。它看起来非常丰富多彩，我可以看到特定的序列在一个大小的类中占多数，但它非常混乱。

我希望能够按照该序列的丰度为每个尺寸订购彩色堆叠条。即，堆叠中具有最高丰度的条形位于每个堆叠的底部，而具有最低丰度的条形位于顶部。它应该看起来更加流畅。

关于如何在ggplot2中执行此操作的任何想法？我知道aes（）中有一个“order”参数，但是我无法弄清楚它应该以我所拥有的格式处理数据。

Answer 1

ggplot2中堆叠条形图中绘制条形图（从下到上）的顺序基于定义组的因子的顺序。因此，Sequence因子必须根据Abundance重新排序。但要获得正确的堆叠顺序，必须颠倒顺序。

ab.tab$Sequence <- reorder(ab.tab$Sequence, ab.tab$Abundance)
ab.tab$Sequence <- factor(ab.tab$Sequence, levels=rev(levels(ab.tab$Sequence)))

现在使用您的代码可以提供您要求的图表

ggplot(ab.tab, aes(x=Length, y=Abundance, fill=Sequence)) +
  geom_bar(stat='identity') +
  opts(legend.position="none")

但是，我可能会建议稍微不同的东西。由于你是在抑制将颜色映射到序列的比例，并且你的描述似乎表明你不关心特定的序列（并且会有很多），为什么不把它留下来呢？只需画出条纹的轮廓，没有任何填充颜色。

ggplot(ab.tab, aes(x=Length, y=Abundance, group=Sequence)) +
  geom_bar(stat='identity', colour="black", fill=NA)

Answer 2

您还可以在ggplot的美学效果中使用group参数来实现目标

ggplot（ab.tab，aes（x =长度，y =丰度，填充=序列，组=丰度））+ geom_bar（stat ='identity'）

如果要执行相反的操作，即在每个堆栈的TOP部分中将其堆栈内具有最高丰度的条形排序，则在组参数的丰度之前使用负号

ggplot（ab.tab，aes（x = Length，y = Abundance，fill = Sequence，group = -Abundance））+ geom_bar（stat ='identity'）