Java中的HDF5：可用API之间有什么区别？

Question

我刚刚发现了HDF5格式，我正在考虑使用它来存储分布在Java应用服务器集群上的3D数据。我发现有几种可用于Java的实现，并且想知道它们之间的差异：

• Java HD5 Interface (JHI5)来自HDF组的Java包装器。

• JHDF5 (HDF5 for Java)

• Permafrost

• Nujan: Pure Java NetCDF4 and HDF5 writer（无法读取HDF5）

最重要的是，我想知道：

• 涵盖了多少本机API，没有任何限制 存在于原生API中？

• 如果支持“Parallel HDF5”？

• 加载3D数据后，我是否会收到“原生呼叫开销” 每次我访问3D数组中的一个元素？也就是说，做数据 实际上变成了Java对象，或者保留在“native / JNI”中 存储器“？

• 是否有任何特定的稳定性问题 实现，因为本机代码崩溃通常需要整体 JVM关闭？

Answer 1

HDF Java遵循分层方法：

• JHI5 - 低级JNI包装器：非常灵活，但使用起来也相当繁琐。

• Java HDF对象包 - 基于JHI5的高级接口。

• HDFView - 基于Java HDF对象包的基于Java的查看器应用程序。

JHDF5在JHI5层上提供了一个高级接口，它提供了HDF5到Java的大部分功能。 API具有浅薄的学习曲线，并隐藏了开发人员的大部分内务工作。您可以在JHDF5的JHI5接口上运行Java HDF对象包（和HDFView），因此这两个API可以在一个Java程序中共存。

Permafrost和Nujan在这一点上似乎还远未完成，而且Permafrost最近没有看到很多活动，因此它们似乎不是目前的首选。

我认为一个好的途径是查看Java HDF5对象包和JHDF5，确定哪两个API更适合您的需求并与之相配。

免责声明：我参与过JHDF5接口，所以我可能会有偏见。

Answer 2

只想指出另一种选择，jhdf.io，它是HDF5的纯Java库。当前它是只读的，并且不包括完整的HDF5规范。但是，它可以打开和读取许多HDF5文件，我希望随着时间的推移对其进行改进。作为纯Java，与其他选项相比，将其集成到其他Java项目中要容易得多，并且避免了与JNI相关的问题。

免责声明：我是 def __init__(self,theFile): self.k = open(theFile,'wb') self.a = csv.writer(self.k) 库的作者。