我目前在Linux Centos 64位服务器上有3个mySQL实例。当服务器启动时，它只启动第一个mySQL实例。那时我必须“mysqld_multi stop”然后“mysqld_multi start”以确保所有3个都启动。无论如何，Linux可以在运行时启动所有3个，所以每次重新启动服务器时我都不必这样做。
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你可以使用crontab @reboot选项： http://unixhelp.ed.ac.uk/CGI/man-cgi?crontab+5
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经过一番研究后，看起来你没有太多的选择，而且它们并不像我想的那样优雅。
Running Multiple MySQL 5.6 Instances on one server in CentOS 6/RHEL 6/Fedora
此链接很好地解释了如何创建在启动时启动的另一个MySQL服务器实例。你肯定能比他描述的更好，但这是一个开始。基本上，他复制/etc/init.d/mysqld启动脚本和/etc/my.cnf配置文件，并使新的启动脚本引用新的配置文件。
您也可以chkconfig mysqld off不使用mysql的内置启动脚本，并创建自己的启动脚本，在启动时运行mysqld_multi命令。
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