在R包中编辑c函数时R CMD构建中的错误

Question

我修改了phmm包中的C函数。现在我想重建包，但发生以下错误。我该如何修复错误？

$ cd ~/Desktop/phmmw
$ R CMD build phmm
* checking for file ‘phmm/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘phmm’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package to re-build vignettes
      -----------------------------------
* installing *source* package ‘phmm’ ...
** libs
*** arch - x86_64
gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64  -I/usr/local/include    -fPIC  -g -O2 -c arms.c -o arms.o
make: gcc-4.2: No such file or directory
make: *** [arms.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘phmm’
* removing ‘/private/var/folders/r0/9qv15p6j59j6jtfq775k6j380000gn/T/RtmpIPgvDE/Rinst48317ea7/phmm’
      -----------------------------------
ERROR: package installation failed

Answer 1

您的R安装配置了gcc，这样（次优）是gcc-4.2命令是硬连线的。

所以你需要

• 提供命令gcc-4.2，通常通过gcc到gcc-4.2的符号链接完成，

• 或更改R设置，可能位于您需要查找$RHOME/etc/Makeconf

的文件CC中

• 或通过CC=gcc R CMD build phmm

动态更改

您可能需要修改多个CC设置，可能需要CXX，LD等。它可能像始终删除-4.2部分一样简单。