我可以用PHP解析hg19.2bit吗?

时间:2012-01-24 22:50:51

标签: php parsing genome

我知道这可能是对php的一种模糊用法,但我正在研究以一种相当有趣的方式导航人类基因组的想法。

问题是我需要知道我是否可以编写一个php脚本来解析免费提供的数据,如果是这样,我将如何开始?是否有任何PHP脚本存在?

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

我建议创建一个数据库设计(MySQL),它包含你想在PHP应用程序中探索的数据子集。

然后找到一种将数据上传到该数据模式的方法。对于上传部分,您可以使用比您选择的PHP更强大的语言,它可以是C#,F#,Haskell等等。

这种分离有助于简化事情而不是在PHP中完成所有操作。

答案 1 :(得分:0)

你必须为此编写解析器,但这应该相当简单: http://jc.unternet.net/genome/2bitformat.html

Perl中的一个例子:http://www.perlmonks.org/?node_id=672251