快速perl t测试功能

Question

我正在使用perl + R来分析大量样本数据集。对于每两个样本，我计算t检验p值。目前，我正在使用statistics :: R模块将值从perl导出到R，然后使用t.test函数。但是，这个过程非常缓慢。我想知道是否有人知道perl函数将以更有效的方式执行相同的过程。

谢谢！

Answer 1

数据量，数据集对的数量，甚至可能是您编写的代码，可能有助于我们确定代码缓慢的原因。例如，向R发送许多小数据集会很慢，但可以通过一次发送所有数据来加速。

对于纯Perl解决方案，首先需要计算测试统计量（这很简单，已经完成了 Statistics::TTest， 例如），然后将其转换为p值（你需要类似R的qt函数，但我不确定它在Perl中是否可用 - 你可以将T值发送给R，在一个块中，最后，将它们转换为p值）。

Answer 2

您还可以尝试PDL，特别是PDL::Stats。

Answer 3

Statistics::TTest模块为您提供了p值。

use Statistics::TTest;

my @r1 = map { rand(10)   } 1..32;
my @r2 = map { rand(10)-2 } 1..32;

my $ttest = new Statistics::TTest;  
$ttest->load_data(\@r1,\@r2);  
say "p-value = prob > |T| = ", $ttest->{t_prob};

玩了一下，我发现这给你的p值略低于你从R得到的值.R显然做了一些降低自由度的东西，但我的统计知识不足以解释它正在做什么或为什么。 （在上面的示例中，差异大约为1％。如果使用320个浮点数而不是32个浮点数，则差值为50％甚至更多，但它是1e-12和1.5e-12之间的差异。）如果你需要精确的p值，你需要小心。