Question

如何使用PyTables将numpy多维数组放入HDF5文件？

据我所知，我不能在pytables表中放置一个数组字段。

我还需要存储有关此数组的一些信息，并能够对其进行数学计算。

有什么建议吗？

Answer 1

可能有一种更简单的方法，但就我所知，这就是你要做的事情：

import numpy as np
import tables

# Generate some data
x = np.random.random((100,100,100))

# Store "x" in a chunked array...
f = tables.openFile('test.hdf', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype)
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape)
ds[:] = x
f.close()

如果要指定要使用的压缩，请查看tables.Filters。 E.g。

import numpy as np
import tables

# Generate some data
x = np.random.random((100,100,100))

# Store "x" in a chunked array with level 5 BLOSC compression...
f = tables.openFile('test.hdf', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype)
filters = tables.Filters(complib='blosc', complevel=5)
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape, filters=filters)
ds[:] = x
f.close()

对于很多这个问题，可能有一种更简单的方法......很长一段时间以来，除了类似数据的数据之外，我还没有使用pytables。

注意：使用pytables 3.0，f.createCArray已重命名为f.create_carray。它也可以直接接受数组，而无需指定atom，

f.create_carray('/', 'somename', obj=x, filters=filters)

Python：如何在PyTables中存储一个numpy多维数组？

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