Question

在cython中使用numpy调用此函数的最佳方法是什么？我不打算使用ctypes，memcpy，malloc等。

功能1）

#include <stdio.h>
extern "C" void cfun(const void * indatav, int rowcount, int colcount,
void * outdatav);

void cfun(const void * indatav, int rowcount, int colcount, void *
outdatav) {
    //void cfun(const double * indata, int rowcount, int colcount,
double * outdata) {
    const double * indata = (double *) indatav;
    double * outdata = (double *) outdatav;
    int i;
    puts("Here we go!");
    for (i = 0; i < rowcount * colcount; ++i) {
        outdata[i] = indata[i] * 4;
    }
    puts("Done!");
}

功能2）

#include <stdio.h>

extern "C" __declspec(dllexport) void cfun(const double ** indata, int
rowcount, int colcount, double ** outdata) {
    for (int i = 0; i < rowcount; ++i) {
        for (int j = 0; j < colcount; ++j) {
            outdata[i][j] = indata[i][j] * 4;
        }
    }
}

Wonjun，Choi

Answer 1

您可以直接从Cython“调用”该函数，方法是将其声明为 extern 。

cdef extern from "mylibraryheader.h":
    void cfun1(void* indatav, int rowcount, int colcount, void* outdatav)
    void cfun2(double** indata, int rowcount, int colcount, doubke** outdata)

您现在可以像在C / C ++中一样调用这些函数。请注意，在Cython中没有 const 关键字，您可以将其保留。不幸的是，我不能给你一个如何将NumPy数组转换为 double 数组的例子。但是这里有一个从双打列表中运行它的例子。

cdef extern from "mylibraryheader.h":
    void cfun1(void* indatav, int rowcount, int colcount, void* outdatav)
    void cfun2(double** indata, int rowcount, int colcount, double** outdata)

cdef extern from "stdlib.h":
    ctypedef int size_t
    void* malloc(size_t)
    void free(void*)

def py_cfunc1(*values):
    cdef int i = 0
    cdef int size = sizeof(double)*len(values)
    cdef double* indatav = <double*> malloc(size)
    cdef double* outdatav = <double*> malloc(size)
    cdef list outvalues = []
    for v in values:
        indatav[i] = <double>v
        i += 1
    cfun1(<void*>indatav, 1, len(values), <void*>outdatav)
    for 0 <= i < len(values):
        outvalues.append(outdatav[i])
    return outvalues

注意：未经测试

Answer 2

你不能从cython中调用这个函数 - 你必须将它写成一个cython函数 - 一些很好的例子是here。作为参考，功能1）：

cimport numpy as np

def cfun(np.ndarray indata, int rowcount, int colcount, np.ndarray outdata):
    cdef int i
    print("Here we go!")
    for i in range(rowcount * colcount):
        outdata[i] = indata[i] * 4
    print("Done!")

如果你真的想调用它，你将不得不使用ctypes或编写自己的包装器。使用swig也可以。

如何在cython中调用此函数？

2 个答案: