Question

有没有人在Python中阅读二进制Matlab .mat文件的成功经验？

（我已经看到scipy声称支持读取.mat文件，但我没有成功。我安装了scipy版本0.7.0，我找不到loadmat()方法）

Answer 1

傻傻的我。忘了导入io ......

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat('file.mat')

Answer 2

scipy.io.savemat和scipy.io.loadmat都不适用于matlab数组--v7.3。但好的部分是matlab --v7.3文件是hdf5数据集。所以可以使用许多工具来阅读它们，包括numpy。

对于python，您需要h5py扩展名，这需要系统上的HDF5。

import numpy as np
import h5py 
f = h5py.File('somefile.mat','r') 
data = f.get('data/variable1') 
data = np.array(data) # For converting to numpy array

Answer 3

即使在读完答案之后，我已经搞了半个小时。希望这个答案有所帮助

首先将mat文件另存为

save('test.mat','-v7')

之后在Python中使用通常的loadmat

import scipy.io as sio
test = sio.loadmat('test.mat')

Answer 4

安装了Matlab 2014b或更新版本后，可以使用Matlab engine for Python：

import matlab.engine
eng = matlab.engine.start_matlab()
content = eng.load("example.mat",nargout=1)

Answer 5

有一个名为mat4py的不错的程序包，可以使用以下方式轻松安装

pip install mat4py

易于使用（从网站上）：

从MAT文件加载数据

函数loadmat仅使用Python的dict和list对象将MAT文件中存储的所有变量加载到简单的Python数据结构中。数字和单元格数组将转换为按行排序的嵌套列表。压缩数组以消除仅包含一个元素的数组。结果数据结构由与JSON格式兼容的简单类型组成。

示例：将MAT文件加载到Python数据结构中：

from mat4py import loadmat

data = loadmat('datafile.mat')

变量data是dict，其变量和值包含在MAT文件中。

将Python数据结构保存到MAT文件

可以使用功能savemat将Python数据保存到MAT文件中。数据的结构必须与loadmat相同，即它应该由简单的数据类型组成，例如dict，list，str，{{1} }和int。

示例：将Python数据结构保存到MAT文件：

float

参数from mat4py import savemat savemat('datafile.mat', data)应该是带有变量的data。

Answer 6

阅读文件

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat(file_name)

检查mat变量的类型

print(type(mat))
#OUTPUT - <class 'dict'>

字典中的键是 matlab变量，值是分配给这些变量的对象 的

Answer 7

此任务有一个很棒的库，名为：pymatreader。

只需执行以下操作：

安装包：pip install pymatreader
导入这个包的相关函数：from pymatreader import read_mat
使用函数读取matlab结构体：data = read_mat('matlab_struct.mat')
使用 data.keys() 来定位数据的实际存储位置。

键通常看起来像：dict_keys(['__header__', '__version__', '__globals__', 'data_opp'])。其中 data_opp 将是存储数据的实际键。这个键的名字当然可以在不同的文件之间改变。

最后一步 - 创建您的数据框：my_df = pd.DataFrame(data['data_opp'])

就是这样:)

Answer 8

MathWorks本身也有MATLAB Engine for Python。如果你有Matlab，这可能是值得考虑的（我自己没有尝试过，但它比阅读Matlab文件有更多的功能）。但是，我不知道是否允许将它分发给其他用户（如果这些人有Matlab可能没问题，否则NumPy可能是正确的方法吗？）。

此外，如果您想自己完成所有基础知识，MathWorks provides（如果链接发生变化，尝试谷歌搜索matfile_format.pdf或其标题MAT-FILE Format）的详细文档文件格式的结构。它并不像我个人想的那么复杂，但显然，这不是最简单的方法。它还取决于您要支持的.mat - 文件的功能数量。

我编写了一个“小”（约700行）Python脚本，可以读取一些基本的.mat文件。我既不是Python专家也不是初学者，我花了两天时间编写它（使用上面链接的MathWorks文档）。我学到了很多新东西，很有趣（大部分时间）。当我在工作中编写Python脚本时，我恐怕无法发布它......但我可以在这里给出一些建议：

首先阅读文档
使用十六进制编辑器（例如HxD）并查看参考.mat - 您要解析的文件
尝试通过将字节保存到txt文件并注释每一行来弄清楚每个字节的含义
使用类保存每个数据元素（例如miCOMPRESSED，miMATRIX，mxDOUBLE或miINT32）
.mat - files'结构最适合在树数据结构中保存数据元素;每个节点都有一个类和子节点

Answer 9

将mat文件读取到具有多种数据类型的pandas dataFrame

RDS*

Answer 10

也可以使用 hdf5storage 库。官方文档 here 了解有关 matlab 版本支持的详细信息。

import hdf5storage

label_file = "./LabelTrain.mat"
out = hdf5storage.loadmat(label_file) 

print(type(out)) # <class 'dict'>

Answer 11

除了 scipy.io.loadmat 用于 v4（1.0 级）、v6、v7 到 7.2 matfiles 和 h5py.File 用于 7.3 格式 matfiles，还有其他类型的 matfiles 文本数据格式 而不是二进制，通常由 Octave 创建，其中 can't even be read in MATLAB。

scipy.io.loadmat 和 h5py.File 都无法加载它们（在 scipy 1.5.3 和 h5py 3.1.0 上测试），我找到的唯一解决方案是 numpy.loadtxt。

import numpy as np
mat = np.loadtxt('xxx.mat')

Answer 12

from os.path import dirname, join as pjoin
import scipy.io as sio
data_dir = pjoin(dirname(sio.__file__), 'matlab', 'tests', 'data')
mat_fname = pjoin(data_dir, 'testdouble_7.4_GLNX86.mat')
mat_contents = sio.loadmat(mat_fname)

您可以使用上述代码在Python中读取默认保存的.mat文件。

用Python读取.mat文件

12 个答案: