Question

我试图绘制以大型CSV文件格式出现的基因测试结果。 CSV中的每个x，y位置都是一个数字分数，其中大部分为零。我只对非零数据感兴趣。此外，每个X和Y标题的名称还有其他信息，我希望用它们进一步对数据进行子集化。我想要做的是融化数据，使用零值去除所有行，并对熔化的数据进行字符串拆分，以提供可用于投射的额外列。但是，当我尝试对熔化的数据进行字符串拆分时遇到问题。以下是命令和一些示例数据：

test <- read.csv("~/Documents/Bioinformatics/Python_Scripts/test.csv", as.is=TRUE)
smalltest <- test[1:10, 1:4]
small.melt <- melt(smalltest)
head(smalltest)
head(small.melt)

这导致以下数据：

head(small.test)
BlastCompare Triostin_A_2 Triostin_A_1 Myxochelin_2 Myxochelin_1 
HA9WEQA05FUABT_497_TxR_K2            0            0      105          120 
G9VUOJT08JA64I_426_TxC_N3            0            0  0            0 
HA9WEQA06G2SFP_457_TxC_J4            0            0     0            0 
HA9WEQA05GCP8Q_506_TxR_J7          150          150    0            0 
HA9WEQA07HU6MW_421_TxR_P7            0            0    0            0 
G9VUOJT05FST3W_399_TxR_J4            0            0    255          240

头（small.melt）

BlastCompare     variable value 
HA9WEQA05FUABT_497_TxR_K2Triostin_A_2     0  
G9VUOJT08JA64I_426_TxC_N3 Triostin_A_2     0 
HA9WEQA06G2SFP_457_TxC_J4 Triostin_A_2     0 
HA9WEQA05GCP8Q_506_TxR_J7 Triostin_A_2   150 
HA9WEQA07HU6MW_421_TxR_P7 Triostin_A_2     0 
G9VUOJT05FST3W_399_TxR_J4 Triostin_A_2     0

但是，当我尝试在$ variable列上进行字符串拆分时，会得到以下结果：

small.melt$name <- sapply(strsplit(small.melt$variable, "_") , "[", 1)
Error in strsplit(small.melt$variable, "_") : non-character argument

对于为什么有任何想法？或者如何解决这个问题？

感谢 zach cp

Answer 1

问题是small.melt$variable属于因子，而strsplit()期望字符向量作为第一个参数。（它几乎告诉你它上面返回的错误信息以及下面的剥离示例）：

f <- as.factor(c("a_b", "a_c"))
strsplit(f, "_")
Error in strsplit(f, "_") : non-character argument

要让strsplit()满意，只需使用as.character()将因子转换为字符向量：

sapply(strsplit(as.character(small.melt$variable), "_") , "[", 1)
#  [1] "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"  
#  [6] "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"  
# [11] "Triostin"   "Triostin"   "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin"
# [16] "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin"
# [21] "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin"

strsplit一个融化的数据集

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