geom_raster()的相对性能

时间:2011-12-29 23:02:03

标签: r ggplot2

我有一个R / ggplot2用例似乎需要geom_raster:一个常规的笛卡尔网格,在x,y位置具有z值。我一直在使用geom_tile,我期望通过切换到geom_raster来提高性能。但我似乎没有看到一个......

这是一个玩具示例(但大小合适),使用base图形:

n <- m <- 200
x <- 1:n
y <- 1:m
f <- function(x, y) 10 * sin(x / n) * cos(y / m)
z <- outer(x, y, f)
system.time(image(z))

   user  system elapsed 
  0.998   0.007   1.023 

这是ggplot2

obs <- expand.grid(x=x, y=y)
obs$z <- as.numeric(as.list(z))
require(ggplot2)
p <- ggplot(obs, aes(x=x, y=y, fill=z))
system.time(show(p + geom_tile()))

   user  system elapsed 
  7.328   0.891   8.187 

require(ggExtra)
system.time(show(p + geom_raster()))

   user  system elapsed 
  7.000   0.637   7.799

所以,这是一个适度的收获,但远不及我所期待的那样。我做错了吗?非常感谢提前!

1 个答案:

答案 0 :(得分:9)

您应该使用最新geom_raster(目前为dev version)的ggplot2,而不是ggExtra中的错误原型(此软件包现已弃用,顺便说一句)。< / p>

这样做,我得到了更好的结果,4.705 vs. 1.416(已过去)。相当不错。

编辑:事实证明?geom_raster中的ggplot2已经在我的系统上提供了更好的基准

benchplot(base + geom_raster())
       step user.self sys.self elapsed
1 construct     0.006    0.004   0.010
2     build     0.887    0.212   1.109
3    render     0.449    0.119   0.584
4      draw     0.108    0.005   0.141
5     TOTAL     1.450    0.340   1.844
> benchplot(base + geom_tile())
       step user.self sys.self elapsed
1 construct     0.016    0.005   0.026
2     build     1.031    0.329   1.365
3    render     1.021    0.297   1.318
4      draw     0.987    0.041   1.040
5     TOTAL     3.055    0.672   3.749