Question

我正在尝试将我的django项目从开发服务器移动到生产服务器。我用一个（BIG）例外解决了几乎所有事情。当我在终端中运行以下代码（使用python manage.py shell）时，它工作正常，但是通过我的apache服务器运行（使用mod_wsgi）它运行不正常。

我的代码：

    ...
    blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no")
    process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)
    proc_out, proc_err = process.communicate()
    err_log = open('/Users/basehunt/logs/ncbi_error_log.log', 'a+')
    err_log.write("\n"+str(datetime.datetime.now())+": "+str(proc_err))
    err_log.close()
    ...

当我通过终端运行后查看我的日志文件ncbi_error_log.log时我得到了（作为示例）：

2011-12-17 12:30:54.771292:

所以没有错误。但是，当我通过我的apache服务器运行时，我得到了：

2011-12-17 12:28:59.755323: /bin/sh: blastn: command not found

我试图广泛搜索这个问题的解决方案，但找不到任何可以修复的东西 - 虽然我希望我遗漏了一些明显的东西，所以我可以快速解决这个问题。

其他信息：

OS X Snow Leopard
python版本是2.7.2
django 1.3
PATH包含带有blastn的目录

如果您想查看其他任何代码，请与我们联系。

解决：

改变

process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

到

process = subprocess.Popen('/Users/basehunt/BLAST/ncbi-blast-2.2.25+/bin/'+str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

以便完全指向该功能。非常感谢。

Answer 1

在Apache / mod_wsgi下运行时，必须使用完整路径名来编程正在运行的程序，或者任何正在访问的文件。这是因为Apache不会继承或使用您的用户PATH。该进程的当前工作目录也可以是任何内容，因此也不能依赖于相对路径。

所以，不要只是'blastn'，而是使用'/ some / path / blastn'，将'/ some / path /'替换为程序所在位置的完整路径。

在apache中使用子进程时出现'command not found'错误

1 个答案: