如何与Perl进行不精确的字符串比较？

Question

给定两个字符串，我想找到指定长度的所有常见子串，但允许一个字符不同。

例如，如果s1是'ATCAGC'，s2是'ATAATCGAC'，而指定的长度是3，那么我想要沿着这些行输出：

ATC from s1 matches ATA, ATC from s2
TCA from s1 matches TAA, TCG from s2

问题

• 我可以使用简单的正则表达式吗？
• 如果没有，Perl中是否有模块？

Answer 1

首先，谷歌搜索“perl hamming distance”的结果发现perlmonks thread提到了Text::LevenshteinXS，各种典型实现，以及一个可爱的xor技巧：

sub hd{ length( $_[ 0 ] ) - ( ( $_[ 0 ] ^ $_[ 1 ] ) =~ tr[\0][\0] ) }

如果不熟悉Levenshtein距离或汉明距离，您应该在String metrics上浏览维基百科文章。