民间，
我们一直在使用System.IO.Packaging中的OpenXml API来创建包含一些Xml / Binary文件的包文件，因此包的结构如下：
Package/
-/DataFolder1/an xml file.xml
-/DataFolder2/another xml file.xml
-/Bin/other binar files
这已经用于应用程序的1.0版本，并且表现非常好。
我们正处于V2的规划阶段，预计包结构会发生以下变化：
包中可能还有其他文件
现有文件的Xml架构可能有一些修改（例如......新节点）
我很感激基于现实生活经验的任何建议，解决文件格式和应用程序本身之间的向后/向前可计算性问题，因此我们可以让应用程序及其文件格式相互独立。
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如果不进一步了解您的申请，很难为您提供建议。但是，可以通过添加包含版本号的属性来处理不同版本的自定义XML，或者 - 如果架构中有重大更改 - 通过更改命名空间以包含新版本号。
如果您想了解OpenXML本身如何处理版本控制和可扩展性，我建议您阅读OpenXML规范的第5部分：
Office Open XML - Part 5: Markup Compatibility and Extensibility