Question

我正在编写一个程序来对DNA序列进行一些分析。一切都很好，除了这件事。我想声明一个大小为m * n的二维数组，其中m和n是从输入文件中读取的。现在的问题是，如果m和n太大了。例如，如果m = 200且n = 50000 然后我在我声明我的数组的那一行得到一个seg错误。

array[m][n];

任何想法如何克服这一点。我确实需要这样一个数组，因为我的整个逻辑取决于如何处理这个数组。

Answer 1

可能你的堆栈空间不足你能不能使用malloc在堆上动态分配数组？

如果您不知道如何做，可能需要查看 this 答案。

Answer 2

正如其他人所说，在堆栈上分配大型VLA（可变长度数组）并不是一个好主意。使用malloc：

分配它

double (*array)[n] = malloc(sizeof(double[m][n]));

并且你有一个像以前一样的对象，那就是编译器完全知道如何处理单个元素array[i][j]，并且分配仍然在内存中给你一个连续的blob。

不要忘记做

free(array);

在你的范围的最后。

Answer 3

不确定您使用的是哪种类型，但对于以下代码，我假设为int。

而不是这样做：

int array[200][50000];

尝试这样做：

int** array = (int**)malloc(200);
for (int i = 0; i < 200; i++)
{
    array[i] = (int*)malloc(50000);
}

这将分配“堆”内存而不是“堆栈”内存。您要求超过300mb（如果您使用的是32位类型），那么您可能没有那么多“堆栈”内存。

确保在使用以下代码完成数组后进行清理：

for (int i = 0; i < 200; i++)
{
    free(array[i]);
}
free(array);

随意使用m和n而不是我上面使用的常量！

编辑：我最初是用C ++编写的，并转换为C.我对C内存分配/释放更加生疏，但我相信我做对了。

Answer 4

你可能用完了堆栈空间。

例如，Windows为每个线程提供1MB堆栈。假设数组包含整数，并且您正在堆栈上创建它，那么您将创建一个40MB的堆栈变量。

您应该在堆上动态分配它。

Answer 5

数组（如果是本地的）在堆栈中分配。对进程/线程的堆栈大小施加了某些限制。如果堆栈过度生长，将导致问题。

但是你可以使用malloc在堆中分配数组。典型的堆大小可能是4GB（这可能或多或少取决于OS / Architecture）。检查malloc的返回值以确保正确分配了数组的内存。