Question

假设我当前会话中有一个对象x：

x <- 1

如何在Sweave或knitr文档中使用此对象，而无需明确指定：

\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
  print(x)
@
\end{document}

我问的原因是因为我想编写一个R脚本来导入数据，然后使用Sweave模板为每个主题生成一个报告。

Answer 1

我会采用稍微不同的方法，因为使用全局变量会减少分析的reproducibility。我使用brew + sweave/knitr来实现这一目标。这是一个简单的例子。

# brew template: "template.brew"
\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
print(<%= x %>)
@
\end{document}

# function to write report
write_report <- function(x){
  rnw_file <- sprintf('file_%s.rnw', x)
  brew::brew('template.brew', rnw_file)
  Sweave(rnw_file)
  tex_file <- sprintf('file_%s.tex', x) 
  tools::texi2pdf(tex_file, clean = TRUE, quiet = TRUE)
}

# produce reports
dat <- 1:10
plyr::l_ply(dat, function(x) write_report(x))

Answer 2

我认为它确实有效。如果您的Sweave文件名为“temp.Rnw”，请运行

> x <- 5
> Sweave("temp.Rnw")

您必须担心正确命名结果输出，以免每个报告被覆盖。

Answer 3

Sweave和knitr在评估R代码块时都使用了全局环境（请参阅globalenv()），因此您的全局环境中的任何内容都可以用于您的文档。（严格来说，knitr使用父框架parent.frame()，在大多数情况下globalenv()

Answer 4

我过去使用的另一个选项是让Sweave代码打开一个文件，

在我的R会议中

write.csv(x, "tabletoberead.csv")

在我的sweave文件中

<<label=label, echo=FALSE>>= 
datatobeused<-read.csv("tabletoberead.csv")
...more manipulations on data ....
@

显然，如果找不到该文件，您应该包含停止的代码。

使用现有R会话中的对象运行Sweave或knitr

4 个答案: