Question

我正在尝试使用SHLIB（保存为foo.cpp）编译以下函数：

#include <Rcpp.h>

RcppExport SEXP foo( SEXP x, SEXP y){
        Rcpp::NumericVector xx(x), yy(y) ;
        int n = xx.size() ;
        Rcpp::NumericVector res( n ) ;
        double x_ = 0.0, y_ = 0.0 ;
        for( int i=0; i<n; i++){
                x_ = xx[i] ;
                y_ = yy[i] ;
                if( x_ < y_ ){
                        res[i] = x_ * x_ ;
                } else {
                        res[i] = -( y_ * y_) ;
                }
        }
        return res ;
}

我试试

$ R CMD SHLIB foo.cpp 
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64  -I/opt/local/include    -fPIC  -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
foo.cpp:1:18: error: Rcpp.h: No such file or directory
foo.cpp:3: error: 'RcppExport' does not name a type
make: *** [foo.o] Error 1

如何包含此文件，这是使用Rcpp编译独立函数的正确方法吗？当然，我已经使用install.packages('Rcpp')安装了Rcpp。

更新试图在R中找到Rcpp.h的位置：

> system.file("lib", "Rcpp.h", package="Rcpp")
[1] ""
>

然而，

> Rcpp:::LdFlags()
/opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a>

更新2：

看http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg79185.html，我试过

$ PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
>          PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'` \
>          R CMD SHLIB foo.cpp
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/library/Rcpp/include -I/opt/local/include    -fPIC  -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/opt/local/lib -o foo.so foo.o /opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a -L/opt/local/lib/R/lib/x86_64 -lR

它生成了foo.o和foo.so。我现在如何在R中导入它？

更新3： 因此可以从dyn.load加载

> dyn.load("foo.so")
> is.loaded("foo")
[1] TRUE

可以像

一样成功调用

> .Call("foo",x=as.numeric(c(1,2,3)),y=as.numeric(c(4,5,6)))
[1] 1 4 9

虽然这个功能不可见。

> foo
Error: object 'foo' not found

Answer 1

问题2.4中明确提到了您的问题。 Rcpp-FAQ。

Answer 2

我找到的答案是SHLIB需要提供Rcpp文件的位置。这可以作为

完成

$ PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
>          PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'` \
>          R CMD SHLIB foo.cpp

然后，编译后的文件可以作为

加载到R中

> dyn.load("foo.so")

并且可以在R中调用

> .Call("foo",c(1,2,3),c(4,5,6))

使用SHLIB编译和加载独立的Rcpp函数

2 个答案: