Question

我刚刚发现Sweave和R。我已经看到了Sweave文档的一些示例，并且我自己也开始编写一两个文档。在R中进行计算并直接在LaTeX文档中输出结果的能力给我留下了深刻的印象。

现在我正在考虑更大的文档（我们通常使用LaTeX），它包含多个页面和几个部分。使用LaTeX（我使用WinEdt），我设置了一个主文档（例如main.tex），然后包含其他子文档，如introduction.tex，discussion.tex等。

我的问题是：我们也可以使用Sweave执行此操作吗？现在我单独使用单个Sweave文档（.Rnw）。我们可以拥有多个Sweave文档（包含一个主文档和次要文档），就像我们通常使用LaTeX一样？

一种解决方法是使用单独的Sweave文件，然后将它们编组以生成R LaTeX个块，这些块可以复制到LaTeX文档但是然后整个这个想法看起来非常低效和耗时。

请知道您有哪些建议和解决方案。

非常感谢...

Answer 1

这对我来说非常有用：

我有一个主文件（“master.Rnw”），它没有文本，但只用于收集最终形成文档的文件（章节，部分）。

然后我有一个带有R代码的文件，它正在各种其他文件中重用（“func.Rnw”）。在这里，我有很多命名的块

<<my_fun_1,eval=FALSE,echo=FALSE>>=
# code:
c <- a * b
@

在master.Rnw中，\ begin {document}之后的第一件事就是

\SweaveInput{func.Rnw}

从那里，我有我的命名块。在文件“chap1.Rnw”中，我现在可以拥有

<<echo=FALSE>>=
a <- 10
b <- 25
<<my_fun_1>>
c
@

当然，我必须

\SweaveInput{chap1.Rnw})

进入master.Rnw。

我只需要\Sweave{master.Rnw}然后pdflatex生成的master.tex文件，不复制/粘贴或处理多个文件。

我只是写了一篇60多页的论文，里面有大约25个表格和数字，到目前为止一切都很顺利。

希望这有帮助，赖

Answer 2

我正在使用Sweave写一本约16章的书。我同意使用带有多个Rnw文件的makefile是个好主意。这种方法的另一个好处是make可以并行运行（-p我认为），因此根据章节对象相互依赖的方式，您可以同时运行大量代码。

对我有所帮助的是缓存。我的几个代码块可以运行几天但在编写本书的过程中没有改变。有一些软件包允许您在运行时保存结果，并且只有在块所依赖的对象发生更改时才重新运行块。

有一些包可以做到这一点。参见：

我使用Weaver包形式的Bioconductor。

当我正在进行大脑转储时...如果你有多个作者，我发现共享的Dropbox帐户是维护项目的绝佳方式。

最高

Answer 3

我建议使用RStudio（http://www.rstudio.com/ide/）而不是WinEdt。 Sweave很好地集成到该IDE中，因为在WinEdt中，您可以将一个文件设置为主文件。从主文件中，您可以使用

包含子文件

\SweaveInput{Child.Rnw}

您可以通过包含指令

将子文件链接回主文件

% !Rnw root = Master.Rnw

子文件中的

。这样，当处理子文件并对其进行排版时，RStudio知道要排版主文件。

的RStudio文档中进行了解释

最好的功能是，即使使用多文件文档，Synctex和TeX错误日志导航仍然有效。