Bash grep ......然后找到位置

Question

我一直在想这个问题; 说我首先尝试从文件中获取一些行：

cat 101127_2.bam |grep 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA'

然后它将弹出包含该字符串的整行。 但是，我们可以使用一些简单的bash代码来定位此字符串所在的行吗？ （第100？1000？......）

Answer 1

grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA' 101127_2.bam

我发现它使用man grep并撰写/line number

//编辑：谢谢@Keith Thompson我正在编辑从cat file | grep -n pattern到grep -n pattern file的帖子，我匆匆抱歉

Answer 2

试试这个：

cat 101127_2.bam |grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA'

Answer 3

这也可能对您有用：

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=;d' 101127_2.bam

或

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=' 101127_2.bam

以上解决方案仅输出匹配的行号，以查看匹配的行：

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/!d;=' 101127_2.bam

或

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/{=;p}' 101127_2.bam