Question

我一直在寻找错误找不到函数“someFunction”它似乎是一个常见的错误，但是我没有发现任何与Rpy2有关的错误。我想用我在python中制作的矩阵制作热图。

def HeatMap(HeatData):
    RHeatMap = robjects.FloatVector([HeatData[i] for i in range(len(HeatData[:,1]))])
    HeatMap = robjects.r['matrix'](RHeatMap, nrow = len(HeatData[:,1]))
    robjects.r('HeatMap = %s' %HeatMap.r_repr())
    robjects.r('jsr.colors=colorRampPalette(c("green","black","red"),interpolate="linear")')
    robjects.r('heatmap(HeatMap, Rowv = NA, Colv = NA, col = topo.colors(100))')

错误是由最后两行引起的，但在R中我对这两种函数都没有问题。

由于

Answer 1

我对Python2.7和rpy2 2.1.9下的代码没有任何问题。

如果直接调用R函数而不是使用字符串会发生什么？

HeatMap = robjects.r['matrix'](RHeatMap, nrow = len(HeatData[:,1]))
robjects.r['heatmap'](HeatMap, Rowv = robjects.NA_Integer, Colv = robjects.NA_Integer, col = robjects.r['topo.colors'](100))

Rpy2无法找到功能

1 个答案: