Question

我正在使用R中的zoo包来分析数据的时间序列。我有以下数据文件：

Date(dd-mm-yy),Time(hh:mm:ss),Julian_Day,AOT_1640,AOT_1020,AOT_870,AOT_675,AOT_667,AOT_555,AOT_551,AOT_532,AOT_531,AOT_500,AOT_490,AOT_443,AOT_440,AOT_412,AOT_380,AOT_340,Water(cm),%TripletVar_1640,%TripletVar_1020,%TripletVar_870,%TripletVar_675,%TripletVar_667,%TripletVar_555,%TripletVar_551,%TripletVar_532,%TripletVar_531,%TripletVar_500,%TripletVar_490,%TripletVar_443,%TripletVar_440,%TripletVar_412,%TripletVar_380,%TripletVar_340,%WaterError,440-870Angstrom,380-500Angstrom,440-675Angstrom,500-870Angstrom,340-440Angstrom,440-675Angstrom(Polar),Last_Processing_Date(dd/mm/yyyy),Solar_Zenith_Angle
29:03:2011,09:26:28,88.393380,N/A,0.490230,0.553836,0.707512,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.911939,N/A,N/A,0.984430,N/A,1.046517,1.081283,1.632430,N/A,4.597345,4.551429,3.216097,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.587552,N/A,N/A,2.694179,N/A,2.085042,2.522511,2.309844,0.851964,0.497006,0.789257,0.898093,0.362423,N/A,13/04/2011,58.822462
29:03:2011,09:41:28,88.403796,N/A,0.440362,0.513093,0.676703,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.893867,N/A,N/A,0.965588,N/A,1.034943,1.079975,1.654521,N/A,12.867837,12.687550,11.037238,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,9.345739,N/A,N/A,8.423888,N/A,8.421787,9.334135,1.622026,0.937815,0.529939,0.852553,0.999260,0.431102,N/A,13/04/2011,57.070624
29:03:2011,10:11:29,88.424641,N/A,0.565148,0.654724,0.842142,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,1.070556,N/A,N/A,1.144966,N/A,1.208759,1.242663,1.666760,N/A,9.933505,9.499251,8.327355,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,6.781617,N/A,N/A,6.612952,N/A,5.600500,5.630695,1.302058,0.826713,0.438445,0.736362,0.884554,0.316539,N/A,13/04/2011,53.916620
29:03:2011,10:17:46,88.429005,N/A,0.593881,0.681572,0.866620,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,1.095508,N/A,N/A,1.168008,N/A,1.233022,1.268572,1.704882,N/A,4.072782,3.752197,3.210935,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.389567,N/A,N/A,2.385582,N/A,1.653326,1.015620,0.728711,0.798185,0.427272,0.716165,0.853963,0.319100,N/A,13/04/2011,53.323057
29:03:2011,10:26:27,88.435035,N/A,0.636627,0.714175,0.884887,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,1.092220,N/A,N/A,1.167024,N/A,1.224264,1.271774,1.626393,N/A,16.400200,10.585139,6.513873,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,3.169704,N/A,N/A,4.085949,N/A,3.963741,8.663229,10.035231,0.724581,0.411533,0.659996,0.764539,0.329073,N/A,13/04/2011,52.544475

我正在尝试使用以下代码阅读它：

f <- function(d, t) as.chron(paste(as.Date(chron(d, format='d:m:y')), t))

z = read.zoo("110329_110329_Chilbolton.lev10", sep=',', header=T, index = 1:2, FUN=f, as.is=F, dec=".")

但数据集的所有列都被读作因子 - 所以，当我summary(z)时，我得到如下输出：

X.TripletVar_340    X.WaterError X440.870Angstrom X380.500Angstrom X440.675Angstrom X500.870Angstrom
 1.015620:1        0.728711:1     0.724581:1       0.411533:1       0.659996:1       0.764539:1      
 2.522511:1        1.302058:1     0.798185:1       0.427272:1       0.716165:1       0.853963:1      
 5.630695:1        1.622026:1     0.826713:1       0.438445:1       0.736362:1       0.884554:1      
 8.663229:1        2.309844:1     0.851964:1       0.497006:1       0.789257:1       0.898093:1      
 9.334135:1       10.035231:1     0.937815:1       0.529939:1       0.852553:1       0.999260:1

默认情况下，如何停止将数据作为因素读取？ read.table没有任何额外参数可以很好地读取数据，以告诉它确保所有内容都保持为数字而不是因素 - 那么为什么read.zoo表现不同？

我想我可以使用colClasses来指定每列的类型，但是如果更改数据集中列的顺序，我宁愿不这样做 - 默认情况下将其转换为数字，然后尝试因为如果不起作用会更好。

有什么想法吗？

Answer 1

您的数据文件对read.zoo提出了两个问题。

首先，它使用N/A来表示缺失值，而不是NA默认情况下所期望的字符串read.table()。这可以通过设置na.strings="N/A"。

来解决

第二个问题是数据文件的倒数第二列Last_Processing_Date.dd.mm.yyyy包含字符串。

但是，根据动物园常见问题解答文档(warning, PDF)：

A＆＃34;动物园＆＃34;对象可以是（1）数字向量，（2）数字矩阵或（3）因子但可以不包含数字向量和因子。

当被问到＆＃39;读取包含两个数字字符值的一堆列，将所有内容转换为因子是read.zoo()生成符合这三个条件之一的对象的唯一方法。

如果删除有问题的列，并指定缺失值字符串，一切都可以顺利进行。如果您确实需要数字和因子列，则上面链接的常见问题解答提出了几种可能的方法。

z <- read.table("110329_110329_Chilbolton.lev10", sep=",", header=T,
                stringsAsFactors=FALSE, na.strings="N/A")
z$Last_Processing_Date.dd.mm.yyyy. <- NULL
z <- zoo(x=z[,-1:-2], order.by=f(z[[1]], z[[2]]))
summary(z)

     Index                       Julian_Day       AOT_1640      AOT_1020     
 Min.   :(03/29/11 09:26:28)   Min.   :88.39   Min.   : NA   Min.   :0.4404  
 1st Qu.:(03/29/11 09:41:28)   1st Qu.:88.40   1st Qu.: NA   1st Qu.:0.4902  
 Median :(03/29/11 10:11:29)   Median :88.42   Median : NA   Median :0.5651  
 Mean   :(03/29/11 10:00:44)   Mean   :88.42   Mean   :NaN   Mean   :0.5452  
 3rd Qu.:(03/29/11 10:17:46)   3rd Qu.:88.43   3rd Qu.: NA   3rd Qu.:0.5939  
 Max.   :(03/29/11 10:26:27)   Max.   :88.44   Max.   : NA   Max.   :0.6366

Answer 2

这已经被诊断出来但是我们添加这个，以便我们有一个可以在这里使用的read.zoo语句的例子。

有两个问题：（1）NAs表示为N / A而不是NA，所以我们必须告诉它。（2）倒数第二列不是数字。 zoo将数据表示为矩阵，因此它必须全部为数字（也支持因子动物园对象，但它们不能混合）。

尝试这一点（我们在示例中添加了第二条数据线以便进行测量）。请务必使用最新版本的zoo来运行示例数据，因为text=参数（指定数据本身的文本而不是文件名）最近才添加。另请注意，在R ?read.zoo内提供了帮助，vignette("zoo-read")提供了一份完全专注于read.zoo示例的文档。

Lines <- "Date(dd-mm-yy),Time(hh:mm:ss),Julian_Day,AOT_1640,AOT_1020,AOT_870,AOT_675,AOT_667,AOT_555,AOT_551,AOT_532,AOT_531,AOT_500,AOT_490,AOT_443,AOT_440,AOT_412,AOT_380,AOT_340,Water(cm),%TripletVar_1640,%TripletVar_1020,%TripletVar_870,%TripletVar_675,%TripletVar_667,%TripletVar_555,%TripletVar_551,%TripletVar_532,%TripletVar_531,%TripletVar_500,%TripletVar_490,%TripletVar_443,%TripletVar_440,%TripletVar_412,%TripletVar_380,%TripletVar_340,%WaterError,440-870Angstrom,380-500Angstrom,440-675Angstrom,500-870Angstrom,340-440Angstrom,440-675Angstrom(Polar),Last_Processing_Date(dd/mm/yyyy),Solar_Zenith_Angle
29:03:2011,09:26:28,88.393380,N/A,0.490230,0.553836,0.707512,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.911939,N/A,N/A,0.984430,N/A,1.046517,1.081283,1.632430,N/A,4.597345,4.551429,3.216097,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.587552,N/A,N/A,2.694179,N/A,2.085042,2.522511,2.309844,0.851964,0.497006,0.789257,0.898093,0.362423,N/A,13/04/2011,58.822462
29:03:2012,09:26:28,88.393380,N/A,0.490230,0.553836,0.707512,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.911939,N/A,N/A,0.984430,N/A,1.046517,1.081283,1.632430,N/A,4.597345,4.551429,3.216097,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.587552,N/A,N/A,2.694179,N/A,2.085042,2.522511,2.309844,0.851964,0.497006,0.789257,0.898093,0.362423,N/A,13/04/2011,58.822462"

library(chron)
library(zoo)
colClasses <- c("character", "character", rep("numeric", 43))
colClasses[44] <- "NULL" # zap the non-numeric column
z <- read.zoo(text = Lines, header = TRUE, sep = ",", na.strings = "N/A",
    index = 1:2, colClasses = colClasses, FUN = function(d, t)
        as.chron(paste(d, t), "%d:%m:%Y %H:%M:%S"))

Answer 3

问题似乎是您从Excel文件导入而没有花时间将“N / A”值转换为正确的NA值。这导致列被视为非数字。动物园包需要将coredata作为矩阵，并严格限制可用于处理的选项。一切都需要数字。即使你输入stringsAsFactors = FALSE，你仍然会得到你期望数字的字符列。

如果您使用read.table读入并设置as.is=TRUE,，则可以克服因素问题。然后，您需要强制要成为数字的列，并删除将以名称“Last_Processing_Date.dd.mm.yyyy”进入的尾随日期列。

我会先这样做：

z = read.table(file.choose(), sep=',', header=T,  as.is=TRUE, dec=".")

然后选择要强制为数字的列：

z[ , 3:43] <- sapply(z[ , 3:43], as.numeric)

在第44列保持该日期列完好无损。然后决定哪些列应该进入zoo对象。

编辑：我看到Gabor Grothendieck也解决了这些问题，因为他是该软件包的作者之一。

Answer 4

...中的read.zoo()会将stringsAsFactors = F传递给read.table()。这应该可以解决问题。

使用read.zoo默认将数据作为因子读取

4 个答案: