我的工作将采用将在Java-EE和JAX-RS中构建的RESTful API项目。我对学习Java-EE和构建这种类型的应用程序非常感兴趣，因为我肯定想参与其中以充分利用学习的机会。我有PHP / Javascript / MySQL的背景知识。我不完全确定MySQL是否会成为首选数据库，但现在我需要假设它将是。
设置RESTful API的最佳方法是什么？有什么需要考虑的事情？如何处理安全问题？
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这是一个很好的教程，可能会让你开始朝着正确的方向前进：
http://www.myeclipseide.com/documentation/quickstarts/webservices_rest/
选择数据库相对不重要（至少出于学习目的）。
如果您还不了解Java，那么您一定要花时间学习它。我推荐Headfirst Java作为一个很好的介绍：
http://www.amazon.com/Head-First-Java-Kathy-Sierra/dp/0596009208/