Question

也许我的头衔无法完全解释我的意图。我有一个如下数据列表：

@HWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0/1
TGTCTAGTTTTTATAGGAAGATATTTCCTTTTCTACCTTTGACTTCAAAGCGGCTGAAATCTCCACTTGCAAATTCCACAAAAAGAGTGTTACAAGTCT
+
Yeeeeeeeeeceed]dddddd^YdceeeedaeeddYccccc\ddceeYeYY`[`bcYc^_XY^_]d^dd`abdddee\e\ddLb]`_`cTbbbYbaM_]
@HWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0/2
TTTGTAAAGTCTGCACGTGGATAACTTGACCACTTAGAGGCCTTCGTTGGAAACGGGTTTTTTTCATGTAAGGCTAGACAGAAGAATTCTCAGTAACTTCAAGTTACTGAGAATTCTTCTGTCTAGCCTTACATGAAAAAAACCCGTTTCCAACGAAGGCCTCTAAGTGGTCAAGTTATCCACGTGCAGACTTTACAAA
+
ffcaefffcdeeeeeeeeeedff^f`\\eeedaec^d^d`deaffeeTecb^bbbddadYcccW[X\MZ\XaU_UTI\]TZ]K[VQX^aIb`b`^X^YSYHWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0

我们可以看到第一行和第五行都是头部/名称，但以＃0/1或＃0/2结尾。现在我希望将每4行分组，但稍后将所有＃0/1和＃0/2合并在一起。

应该像：

@HWI....#0/1
TTCCGC
+
cffccc
@HWI....#0/1
CCGGGG
+
abbcgg
....

另一个文件是： @HWI ....＃0/1 ATTCCG + fccfcc @HWI ....＃0/1 CGCCGG + gbbcaa

我知道如何使用简单的python脚本执行此操作。但只是想知道我们是否只能使用一些非常简单的bash代码？感谢

Answer 1

sed -n '1,${p;n;n;n;}'应该有助于获得每一行：

[ 11:32 jon@hozbox.com ~/SO/bash ]$ cat blah | sed -n '1,${p;n;n;n;}'
@HWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0/1
@HWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0/2

[ 11:33 jon@hozbox.com ~/SO/bash ]$ cat blah
@HWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0/1
TGTCTAGTTTTTATAGGAAGATATTTCCTTTTCTACCTTTGACTTCAAAGCGGCTGAAATCTCCACTTGCAAATTCCACAAAAAGAGTGTTACAAGTCT
+
Yeeeeeeeeeceed]dddddd^YdceeeedaeeddYccccc\ddceeYeYY`[`bcYc^_XY^_]d^dd`abdddee\e\ddLb]`_`cTbbbYbaM_]
@HWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0/2
TTTGTAAAGTCTGCACGTGGATAACTTGACCACTTAGAGGCCTTCGTTGGAAACGGGTTTTTTTCATGTAAGGCTAGACAGAAGAATTCTCAGTAACTTCAAGTTACTGAGAATTCTTCTGTCTAGCCTTACATGAAAAAAACCCGTTTCCAACGAAGGCCTCTAAGTGGTCAAGTTATCCACGTGCAGACTTTACAAA
+
ffcaefffcdeeeeeeeeeedff^f`\\eeedaec^d^d`deaffeeTecb^bbbddadYcccW[X\MZ\XaU_UTI\]TZ]K[VQX^aIb`b`^X^YSYHWI-ST150_0129:3:8:21208:93107#0

Useful One-Line Scripts For sed
man sed

Answer 2

我不确定我是否理解你，但是使用GNU sed获得每一行都是微不足道的：

sed '1~4!d' file

至group四行，我认为你的意思是将4行减少为一行：

sed '/#0\/[12]$/{N;N;N;s/\n//;d}' file

这使用您在上面提到的正则表达式，即以#0/1或#0/2

结尾的行

Bash代码分割每4行然后合并

2 个答案: