Question

我正在越来越多地使用Rscript，而我通常会使用bash脚本。一个小烦恼是，许多这些脚本循环一些system()调用，如果我试图中断它，R基本上没有时间来捕获我的控制-c。相反，它只是中止正在运行的系统命令并继续下一个循环迭代。例如，当我尝试通过按住control-c来中断以下操作时，它仍然会通过所有迭代：

for(i in 1:10) {
  cat(i)
  system('sleep 3')
}

到目前为止，我总是通过在每个循环中插入一个小暂停来解决这个问题，如

for(i in 1:10) {
  Sys.sleep(0.25)
  cat(i)
  system('sleep 3')
}

如果我按住control-c，我会在一两次迭代中中止，但我想知道，有没有更有效的方法来实现这种行为？

Answer 1

John，我不确定这是否会有所帮助，但是通过调查setTimeLimit，我了解到只要用户能够执行中断（例如Ctrl-C），它就可以暂停执行。有关一些参考资料，请参阅this question。

特别是回调可能是最佳选择，我会查看addTaskCallback和this guide on developer.r-project.org。

以下是其他四条建议：

虽然这是一个hack，一种非常不同的方法，我可以调用两个R会话，一个是主会话，另一个只是存在来执行主会话传递的shell命令，它只等待确认在开始下一个工作之前完成了这项工作。
如果您可以使用foreach代替for（并行，通过％dopar％或序列％do％而不是％dopar％或w /只有1名注册工作人员），这可能更容易受到干扰，因为它可能等同于第一个建议（因为它分叉R）。
如果您可以检索外部命令的退出代码，那么可以将其传递给有条件的循环。 This previous Q&A在这方面会有所帮助。
如果你想让一切都在一个bash脚本中运行，那么R就可以编写一个长脚本（即将一个字符串或一系列字符串输出到一个文件中）。这可以执行，并且保证中断不会影响循环，因为您已经展开循环。或者，您可以在bash中编写循环。 Here are examples。就个人而言，我喜欢使用find（例如find .... -exec doStuff {} ';'）或通过反引号作为输入将命令应用于文件。不幸的是，我不能轻易地在SO上提供格式良好的代码，因为它将反引号嵌入反引号... See this page for examples因此，可能是你可以有一个命令，没有循环，并应用一个对满足特定标准集的所有文件起作用。通过反引号使用命令替换对于bash用户来说是一个非常方便的技巧。

Answer 2

您应该检查每次system()的呼叫是否都具有非零退出状态。如果出现意外错误，您的程序应stop()，否则您可能会收到意外结果。当你用 Ctrl + C 杀死时，你调用的程序应该返回一个非零退出状态，如果没有，那就是这些程序中的错误或缺陷

中断循环与系统命令

2 个答案: