Question

我必须在python中读取二进制文件。这首先是由Fortran 90程序以这种方式编写的：

open(unit=10,file=filename,form='unformatted')
write(10)table%n1,table%n2
write(10)table%nH
write(10)table%T2
write(10)table%cool
write(10)table%heat
write(10)table%cool_com
write(10)table%heat_com
write(10)table%metal
write(10)table%cool_prime
write(10)table%heat_prime
write(10)table%cool_com_prime
write(10)table%heat_com_prime
write(10)table%metal_prime
write(10)table%mu
if (if_species_abundances) write(10)table%n_spec
close(10)

我可以使用以下IDL代码轻松读取此二进制文件：

n1=161L
n2=101L
openr,1,file,/f77_unformatted
readu,1,n1,n2
print,n1,n2
spec=dblarr(n1,n2,6)
metal=dblarr(n1,n2)
cool=dblarr(n1,n2)
heat=dblarr(n1,n2)
metal_prime=dblarr(n1,n2)
cool_prime=dblarr(n1,n2)
heat_prime=dblarr(n1,n2)
mu  =dblarr(n1,n2)
n   =dblarr(n1)
T   =dblarr(n2)
Teq =dblarr(n1)
readu,1,n
readu,1,T
readu,1,Teq
readu,1,cool
readu,1,heat
readu,1,metal
readu,1,cool_prime
readu,1,heat_prime
readu,1,metal_prime
readu,1,mu
readu,1,spec
print,spec
close,1

我想要做的是用Python读取这个二进制文件。但是有一些问题。首先，这是我尝试阅读文件：

import numpy
from numpy import *
import struct

file='name_of_my_file'
with open(file,mode='rb') as lines:
    c=lines.read()

我尝试阅读前两个变量：

dummy, n1, n2, dummy = struct.unpack('iiii',c[:16])

但是你可以看到我必须添加到虚拟变量，因为不知何故，fortran程序在这些位置添加整数8。

现在问题是在尝试读取其他字节时。我没有得到与IDL计划相同的结果。

这是我尝试读取数组n

 double = 8
 end = 16+n1*double
 nH = struct.unpack('d'*n1,c[16:end])

然而，当我打印这个数组时，我得到了非感觉值。我的意思是，我可以用上面的IDL代码读取文件，所以我知道会发生什么。所以我的问题是：当我不确切知道结构时，我怎么能读到这个文件？为什么使用IDL它是如此简单易读？我需要用Python读取这个数据集。

Answer 1

您正在寻找的是struct模块。

此模块允许您从字符串中解压缩数据，将其视为二进制数据。

您提供格式字符串和文件字符串，它将使用返回二进制对象的数据。

例如，使用您的变量：

import struct
content = f.read() #I'm not sure why in a binary file you were using "readlines",
                   #but if this is too much data, you can supply a size to read()
n, T, Teq, cool = struct.unpack("dddd",content[:32])

这将使n，T，Teq和cool保存二进制文件中的前四个双精度数。当然，这只是一个示范。你的例子看起来像是想要双打的列表 - 方便的struct.unpack返回一个元组，我为你的情况采取的仍然可以正常工作（如果不是，你可以让他们搞砸）。请记住，struct.unpack需要使用传入其中的整个字符串 - 否则您将获得struct.error。因此，要么对输入字符串进行切片，要么只使用read您要使用的字符数，就像我在评论中所说的那样。

例如，

n_content = f.read(8*number_of_ns) #8, because doubles are 8 bytes
n = struct.unpack("d"*number_of_ns,n_content)

Answer 2

你试过scipy.io.readsav了吗？

只需阅读您的文件：

mydict = scipy.io.readsav('name_of_file')

Answer 3

您好像正在尝试阅读RAMSES生成的 cooling_0000x.out 文件。

请注意，前两个整数（n1，n2）提供了文件正文中后面的二维表（数组）的维度...所以你需要先知道这两个整数才能知道多少真正的* 8数据在文件的其余部分。

scipy应该有帮助 - 它可以让你读取任意尺寸的二进制数据：

http://wiki.scipy.org/Cookbook/InputOutput#head-e35c7736718209eea00ebf37a7e1dfb91df696e1

如果你已经有这个python代码，请告诉我，因为我今天要写的（17Sep2014）。

瑞克

在python中读取二进制文件

3 个答案: