如何使用Python可视化社交网络

Question

我需要定义一个social network，分析并绘制它。我可以手工绘制并手工分析（计算各种指标）。但我不想重新发明轮子。

我曾尝试使用matplotlib，但我需要以交互方式使用它，并在几行中告诉它如何加载数据，然后调用渲染函数，将图形渲染为SVG。

如何以所描述的方式可视化社交网络？

Answer 1

networkx 是一个非常强大且灵活的Python库，用于处理网络图。定向和非定向连接可用于连接节点。可以通过添加节点然后连接它们的边来构建网络，或者简单地通过列出边对（可以自动创建未定义的节点）来构建网络。创建后，节点（和边）可以使用任意标签进行注释。

虽然 networkx 可用于可视化网络（请参阅文档），但您可能更喜欢使用网络可视化应用程序，例如 Gephi （可从{{3获得） }}）。 networkx 支持各种导入和导出格式。如果使用 GraphML 等格式导出网络，导出的文件可以轻松加载到 Gephi 中并在那里可视化。

import networkx as nx
G=nx.Graph()
G.add_edges_from([(1,2),(1,3),(1,4),(3,4)])
G
>>> <networkx.classes.graph.Graph object at 0x128a930>
G.nodes(data=True)
>>> [(1, {}), (2, {}), (3, {}), (4, {})]
G.node[1]['attribute']='value'
G.nodes(data=True)
>>> [(1, {'attribute': 'value'}), (2, {}), (3, {}), (4, {})]
nx.write_graphml(G,'so.graphml')

Answer 2

有三个答案提到Networkx和Gephi，但没有人提到graph-tool。主要区别在于算法是用C ++实现的，与{...}相比，算法为performance boost。 Networkx。

而且，它还涵盖了可视化。来自网站：

  

使用各种算法和方便地绘制图形   输出格式（包括屏幕）。图形工具有自己的特色   布局算法和基于的多功能交互式绘图程序   cairo和GTK +，但它也可以作为一个非常舒适的界面   到优秀的graphviz包。

这是一个简洁的例子from the docs（还有很多）：

（阻止政治博客网络的分区）。

而且，它的代码：

>>> g = gt.collection.data["polblogs"]
>>> g = gt.GraphView(g, vfilt=gt.label_largest_component(gt.GraphView(g, directed=False)))
>>> state = gt.BlockState(g, B=g.num_vertices(), deg_corr=True)
>>> state = gt.multilevel_minimize(state, B=2)
>>> gt.graph_draw(g, pos=g.vp["pos"], vertex_fill_color=state.get_blocks(), output="polblogs_agg.pdf")
<...>

_{（注意：在这个例子中，每个节点的位置是预先确定的，因此不必运行布局算法）}

这是使用相同数据的另一个例子（结果令人难以置信）： http://ryancompton.net/2014/10/05/graph-tools-visualization-is-pretty-good/

Answer 3

另一种方式是Cytoscape。您也可以使用gml文件。

像psychemedia所说，您可以使用Networkx绘制图表并导出到gml文件。

nx.write_graphml(G,'my_file.gml')

之后，在Cytoscape中单击From Network File并选择您的gml文件。在那里，你也可以改变风格。

Answer 4

最近在这里发生了很多事情！ Netwulf是一个致力于使用Python轻松实现可重现的交互式网络可视化的库（免责声明：我是贡献者）。

也请检出webweb，如果要将网络导出为html，则更好。