system（）：为什么我在EMACS中使用R时没有像在bash终端中那样使用相同的权限？

时间：2011-10-21 14:51:22

标签： bash r emacs ess

更新：只有从emacs

中登录到R时才会出现错误

什么有效：

当我进入远程服务器并运行

时 
$ ./foo.rb

来自bash shell，它的工作原理。此外，如果我启动R并执行     $ R

  

系统（ './ foo.rb'）

我在一个有权读取/写入/执行文件的组中。文件权限为-rwxrwx---

什么行不通：

启动emacs并启动R会话：

  • M-x R

  • ssh-myserver:。

      

    系统（ './ foo.rb'）

我收到以下错误：

ruby: Permission denied -- foo.rb (LoadError)
这是为什么？有办法解决这个问题吗？

我找不到?system或?system2

中的任何信息

这是sessionInfo（）

的输出 
> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] PECAn_0.1.1      xtable_1.5-6     gridExtra_0.7    RMySQL_0.7-5    
 [5] DBI_0.2-5        ggplot2_0.8.9    proto_0.3-8      reshape_0.8.3   
 [9] plyr_1.6         rjags_2.2.0-2    coda_0.13-5      lattice_0.19-17 
[13] randtoolbox_1.09 rngWELL_0.9      MASS_7.3-11      XML_3.2-0       

loaded via a namespace (and not attached):
[1] digest_0.4.2
Warning message:
'DESCRIPTION' file has 'Encoding' field and re-encoding is not possible

来自ssh和emacs的'id'和'env'的输出，@ sarnold的每条评论（更改的用户名，组名和IP地址）

1。服务器

1.1'id'

 uid=1668(dleb) gid=1668(dleb) groups=117(ebusers),159(lab_admin),166(lab),1340(pal_web),1668(dleb)

1.2'env'

LC_PAPER=en_US.UTF-8
LC_ADDRESS=en_US.UTF-8
LC_MONETARY=en_US.UTF-8
SHELL=/usr/local/bin/system-specific
KDE_NO_IPV6=1
SSH_CLIENT=888.888.888.88 51857 22
NCARG_FONTCAPS=/usr/lib64/ncarg/fontcaps
LC_NUMERIC=en_US.UTF-8
USER=dleb
LS_COLORS=
LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8
KDEDIR=/usr
NCARG_GRAPHCAPS=/usr/lib64/ncarg/graphcaps
MAIL=/var/mail/dleb
PATH=/usr/kerberos/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/opt/dell/srvadmin/bin
LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8
LC_COLLATE=en_US.UTF-8
R_LIBS=/home/a-m/dleb/lib/R
PWD=/home/dleb
NCARG_ROOT=/usr
KDE_IS_PRELINKED=1
LANG=en_US.UTF-8
NCARG_DATABASE=/usr/lib64/ncarg/database
MODULEPATH=/usr/share/Modules/modulefiles:/etc/modulefiles
LOADEDMODULES=
LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8
NCARG_LIB=/usr/lib64/ncarg
SSH_ASKPASS=/usr/libexec/openssh/gnome-ssh-askpass
NCARG_NCARG=/usr/share/ncarg
SHLVL=1
HOME=/home/a-m/dleb
LOGNAME=dleb
CVS_RSH=ssh
SSH_CONNECTION=888.888.888.88 51857 999.999.999.99 22
LC_CTYPE=en_US.UTF-8
MODULESHOME=/usr/share/Modules
LESSOPEN=|/usr/bin/lesspipe.sh %s
DISPLAY=localhost:15.0
LC_TIME=en_US.UTF-8
G_BROKEN_FILENAMES=1
LC_NAME=en_US.UTF-8
_=/bin/env

emacs / ess R session

2.1 system（'id'）

uid=1668(dleb) gid=1668(dleb) groups=117(ebusers),159(lab_admin),166(lab),1340(pal_web),1668(dleb)

2.2 system（'env'）

LN_S=ln -s
R_TEXI2DVICMD=/usr/bin/texi2dvi
LC_PAPER=en_US.UTF-8
SED=/bin/sed
LC_ADDRESS=en_US.UTF-8
R_PDFVIEWER=/usr/bin/xdg-open
LC_MONETARY=en_US.UTF-8
HOSTNAME=ebi-forecast
R_INCLUDE_DIR=/usr/include/R
R_PRINTCMD=lpr
SHELL=/usr/local/bin/system-specific
TERM=dumb
AWK=gawk
HISTSIZE=1
R_RD4DVI=ae
SSH_CLIENT=888.888.888.88 51159 22
KDE_NO_IPV6=1
R_RD4PDF=times,hyper
R_PAPERSIZE=a4
NCARG_FONTCAPS=/usr/lib64/ncarg/fontcaps
PERL=/usr/bin/perl
LC_NUMERIC=en_US.UTF-8
SSH_TTY=/dev/pts/14
LC_ALL=C
EMACS=t
USER=dleb
LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8
LS_COLORS=
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib
TAR=/bin/gtar
ENV=
R_ZIPCMD=/usr/bin/zip
KDEDIR=/usr
PAGER=/usr/bin/less
NCARG_GRAPHCAPS=/usr/lib64/ncarg/graphcaps
R_GZIPCMD=/usr/bin/gzip
PATH=/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin
LC_COLLATE=en_US.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8
EGREP=/bin/grep -E
PWD=/home/a-m/dleb/pecan
INPUTRC=/etc/inputrc
R_LIBS=/home/a-m/dleb/lib/R
NCARG_ROOT=/usr
R_SHARE_DIR=/usr/share/R
WHICH=/usr/bin/which
EDITOR=vi
LANG=en_US.UTF-8
KDE_IS_PRELINKED=1
R_LIBS_SITE=/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib64/R/library:/usr/share/R/library
M    ODULEPATH=/usr/share/Modules/modulefiles:/etc/modulefiles
NCARG_DATABASE=/usr/lib64/ncarg/database
LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8
LOADEDMODULES=
PS3=
R_BROWSER=/usr/bin/xdg-open
SSH_ASKPASS=/usr/libexec/openssh/gnome-ssh-askpass
NCARG_LIB=/usr/lib64/ncarg
HOME=/home/a-m/dleb
SHLVL=1
NCARG_NCARG=/usr/share/ncarg
R_ARCH=
TR=/usr/bin/tr
MAKE=make
R_UNZIPCMD=/usr/bin/unzip
LOGNAME=dleb
CVS_RSH=ssh
LC_CTYPE=en_US.UTF-8
SSH_CONNECTION=888.888.888.88 51159 999.999.999.99 22
R_BZIPCMD=/usr/bin/bzip2
MODULESHOME=/usr/share/Modules
LESSOPEN=|/usr/bin/lesspipe.sh %s
PROMPT_COMMAND=
R_HOME=/usr/lib64/R
DISPLAY=localhost:22.0
R_PLATFORM=x86_64-redhat-linux-gnu
INSIDE_EMACS=23.2.1,tramp:2.1.18-23.2
R_LIBS_USER=~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.12
LC_TIME=en_US.UTF-8
R_DOC_DIR=/usr/share/doc/R-2.12.2
R_SESSION_TMPDIR=/tmp/RtmpqA6bpJ
HISTFILE=/home/a-m/dleb/.tramp_history
G_BROKEN_FILENAMES=1
LC_NAME=en_US.UTF-8
_=/bin/env

2 个答案:

答案 0 :(得分：3)

假设你以相同的用户启动R，那么你就是。但是， 错误来自foo.rb的权限问题，否则您的 shell 会出错。 （即sh: ./test.rb: Permission denied;见下面的例子）。在这里，ruby本身就是错误。如果不确切知道foo.rb中的内容，我建议您在此处查看它正在尝试加载/获取内容以及检查这些内容的权限。

#!/usr/bin/env ruby

puts 'Hello world'

现在在R .... 

> system('ls -l test.rb')
-rw-r--r--  1 jcolby  staff  40 Oct 21 08:23 test.rb
> system('./test.rb')
sh: ./test.rb: Permission denied
> system('chmod a+x test.rb')
> system('./test.rb')
Hello world

答案 1 :(得分：2)

我认为Emacs派生输出中的M ODULEPATH只是一个复制和粘贴错误。

两个env输出之间的差异远大于我的预期;我选择了那些看起来有点可疑的人：

$ diff -u works fails
--- works   2011-10-24 15:04:02.000000000 -0700
+++ fails   2011-10-24 15:12:36.000000000 -0700
...
+LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib
...
-PATH=/usr/kerberos/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/opt/dell/srvadmin/bin
-PWD=/home/dleb
...
+PATH=/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin
...
+PWD=/home/a-m/dleb/pecan
...

在emacs派生的会话中，您的LD_LIBRARY_PATH环境变量可能正在更改执行ruby时使用的动态链接库的细节。如果您ssh进入服务器并使用已更改的foo.rb执行LD_LIBRARY_PATH，它是否有效？

LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib ./foo.rb

两个会话之间的PATH环境变量是不同的;也许你有权执行/usr/local/bin/ruby（或/usr/local/lib/ruby/中的库）而不是/usr/bin/ruby（或/usr/lib/ruby/中的库）。您的脚本是使用#!env ruby还是使用#!/usr/bin/ruby（或其他固定路径）？

您的pwd在一个实例中为/home/dleb，另一个/home/a-m/dleb/pecan - 但HOME在两个系统上都设置为/home/a-m/dleb。 /home/dleb是一个符号链接，还是与/home/a-m/dleb分开存在？ （这真的是抓住稻草 - 我不认为这是它，但这个问题是莫名其妙。）

最后要考虑的一件事是：您的服务器是否受限于AppArmor，SELinux，TOMOYO或SMACK等工具？这些mandatory access control工具中的任何一个都可以阻止应用程序在特定位置写入，可能还没有为您的站点配置它们。检查dmesg(1)输出以查看是否有拒绝消息，如果dmesg(1)未运行，大多数或所有这些工具都会记录到auditd(8)。

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