Question

我的文件看起来像：

ATOM 2517 O   VAL 160 8.337  12.679  -2.487
ATOM 2518 OXT VAL 160 7.646  12.461  -0.386
TER 
ATOM 2519 N   VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2520 H1  VAL 161 -15.336  5.698 -25.811
ATOM 2521 H2  VAL 161 -13.416 10.529  17.708
ATOM 2522 H3  VAL 161 -14.363  9.436  18.498
ATOM 2523 CA  VAL 161   4.400  9.233  16.454
ATOM 2524 HA  VAL 161   3.390  9.170  16.047

我必须删除“TER”，“TER”之前的行和TER之后的行后的3行，并使文件连续如下：

ATOM 2517 O   VAL 160   8.337 12.679  -2.487
ATOM 2519 N   VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2523 CA  VAL 161   4.400  9.233  16.454
ATOM 2524 HA  VAL 161   3.390  9.170  16.047

Answer 1

只需删除以TER开头的行。

   sed -i.bak '/^\s*TER\s*$/d' transrotate/myfiles

如果您只想删除空行，请尝试以下操作：

sed -i.bak '/^\s*$/d' transrotate/myfiles

Answer 2

sed '/^TER/d' yourFile

将完成这项工作

kent$  echo "ATOM 2517 O   VAL 160 8.337 12.679 -2.487
dquote> ATOM 2518 OXT VAL 160 7.646 12.461 -0.386
dquote> TER 
dquote> ATOM 2519 N  VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
dquote> ATOM 2520 H1 VAL 161 -15.336  5.698 -25.811
dquote> ATOM 2521 H2 VAL 161 -13.416 10.529  17.708
dquote> ATOM 2522 H3 VAL 161 -14.363  9.436  18.498" |sed '/^TER/d'

ATOM 2517 O   VAL 160 8.337 12.679 -2.487
ATOM 2518 OXT VAL 160 7.646 12.461 -0.386
ATOM 2519 N  VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2520 H1 VAL 161 -15.336  5.698 -25.811
ATOM 2521 H2 VAL 161 -13.416 10.529  17.708
ATOM 2522 H3 VAL 161 -14.363  9.436  18.498

根据新要求进行了更新

见下面的awk行：

kent$  cat t.txt
ATOM 2517 O   VAL 160 8.337 12.679 -2.487
ATOM 2518 OXT VAL 160 7.646 12.461 -0.386
TER 
ATOM 2519 N  VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2520 H1 VAL 161 -15.336  5.698 -25.811
ATOM 2521 H2 VAL 161 -13.416 10.529  17.708
ATOM 2522 H3 VAL 161 -14.363  9.436  18.498

kent$  awk 'NR==FNR{if ($0~/^TER/)a[NR]=1;}NR>FNR{f=0;for(x in a){if(FNR>=x-1 && FNR<=x+3){f=1;break;}}if(!f){print $0;}f=0}' t.txt t.txt
ATOM 2517 O   VAL 160 8.337 12.679 -2.487
ATOM 2522 H3 VAL 161 -14.363  9.436  18.498

再次更新

我希望这是最后一次更新：

awk line：

awk 'NR==FNR{if ($0~/^TER/)a[NR]=1;}NR>FNR{f=0;for(x in a){if(FNR==x-1 || FNR==x || (FNR>x+1 && FNR<=x+4)){f=1;break;}}if(!f){print $0;}f=0}' yourFile yourFile

试验：

kent$  cat t.txt
ATOM 2517 O   VAL 160 8.337  12.679  -2.487
ATOM 2518 OXT VAL 160 7.646  12.461  -0.386
TER 
ATOM 2519 N   VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2520 H1  VAL 161 -15.336  5.698 -25.811
ATOM 2521 H2  VAL 161 -13.416 10.529  17.708
ATOM 2522 H3  VAL 161 -14.363  9.436  18.498
ATOM 2523 CA  VAL 161   4.400  9.233  16.454
ATOM 2524 HA  VAL 161   3.390  9.170  16.047

kent$  awk 'NR==FNR{if ($0~/^TER/)a[NR]=1;}NR>FNR{f=0;for(x in a){if(FNR==x-1 || FNR==x || (FNR>x+1 && FNR<=x+4)){f=1;break;}}if(!f){print $0;}f=0}' t.txt t.txt
ATOM 2517 O   VAL 160 8.337  12.679  -2.487
ATOM 2519 N   VAL 161 -14.431  5.789 -25.371
ATOM 2523 CA  VAL 161   4.400  9.233  16.454
ATOM 2524 HA  VAL 161   3.390  9.170  16.047

Answer 3

现在蛮力似乎不受欢迎，但无论如何它仍然存在：

perl -e 'undef $/; ($a=<>)=~s!(.*\n){1}TER\n(.*\n)(.*\n){3}!$2!; print $a;' INFILE > OUTFILE

当然，该方法假设输入文件适合RAM。

P.S。如果输入大于RAM，则需要一个简单的状态机。在循环中逐行读取文件。 push行到中间缓冲区。如果缓冲区中有超过4行，shift并打印头部。如果缓冲区中的第二行是TER而缓冲区包含4行，则清除缓冲区。有线的时候重复。

Answer 4

ed非常适合这种事情：

$ ed -s file.txt <<EOF
> /^TER/d
> -1d
> +1d
> d
> d
> ,p
> EOF

倒数第二行的p将打印结果;将其更改为w以进行编辑并保存到同一文件中。

删除文件中行之间的字符串

4 个答案: