如何绘制离散类别的频率？

Question

您好我有一个如下所示的数据框：

    Seq     H   E   T   C
1   Seq_1   2   1   5   4
2   Seq_2   2   1   5   4
3   Seq_3   2   1   5   4
4   Seq_4   0   0   6   6
5   Seq_5   0   4   2   6    

其中H，E，T和C代表每个序列中这些特征的计数。

我正在尝试构建一个线图，其中每一行应代表一个序列。 X轴将是特征（H，E，T，C）和Y轴的相应计数，因此这些线将显示每个序列中计数的变化。

我该怎么做？我已经搞砸了很多东西但是无法做到！

Answer 1

ggplot的技巧是它希望数据采用“长”格式。使用melt以这种格式获取它通常是最容易的。一旦融化，就可以根据需要查看绘图。这是一个例子：

txt <- "    Seq     H   E   T   C
1   Seq_1   2   1   5   4
2   Seq_2   2   1   5   4
3   Seq_3   2   1   5   4
4   Seq_4   0   0   6   6
5   Seq_5   0   4   2   6 "

dat <- read.table(textConnection(txt), header = TRUE)
library(ggplot2)

dat.m <- melt(dat)


ggplot(dat.m, aes(variable, value, group = Seq, colour = Seq)) + 
  geom_line()

这会导致Seq_1 - Seq_3出现一些过度绘图问题，因此您可能需要考虑丢弃颜色和刻面：

ggplot(dat.m, aes(variable, value, group = Seq)) + 
  geom_line() + 
  facet_wrap(~Seq)

当您需要检查100个序列时，分面显然变得不那么有用了。