Question

我经常对R的神秘错误消息感到沮丧。我不是在交互式会话期间谈论，我的意思是当你运行脚本时。错误消息不会打印出行号，并且通常很难跟踪违规行以及错误原因（即使您可以找到该位置）。

最近，我的R脚本失败了，发出了令人难以置信的深刻信息：“执行停止了。”我通常跟踪这些错误的方法是在整个脚本中放入大量的打印语句 - 但这很痛苦。我有时不得不在交互式会话中逐行浏览脚本以找到错误。

对于如何使R错误输出更具信息性，有没有人有更好的解决方案？

编辑：许多R调试工作适用于交互式会话。我正在寻找有关通过Rscript运行的命令行脚本的帮助。当错误发生时，我不在R会话的中间，我在bash shell。我无法运行“traceback（）”

Answer 1

尝试一下这篇文章中的一些建议：

具体而言，findLineNum()和traceback() / setBreakpoint()。

Answer 2

@Nathan在脚本开头添加此行sink(stdout(), type="message")，您应该在控制台消息中获取脚本内容和输出以及错误消息，以便您可以在控制台中以交互模式查看它。（如果您希望保持控制台“干净”，您也可以重定向到日志文件）

Answer 3

虽然无法直接改进R错误消息，但您可以通过识别错误的确切代码行来节省大量时间，并在错误发生时将实际变量存储在转储中，以便发布＆＃34; post验＆＃34;分析！

tryCatchLog功能优于tryCatch的主要优点是

轻松记录错误，警告和消息到文件或控制台
警告不会停止程序执行（如果传递警告处理函数，tryCatch会停止执行）
通过记录堆栈跟踪并引用源文件名和行号来识别错误和警告的来源（因为回溯不包含完整的堆栈跟踪）
允许通过创建转储文件之后进行事后分析，其中包含全局环境（工作空间）的所有变量以及调用的每个函数（通过dump.frames） - 对于您的批处理作业非常有用无法直接在服务器上调试重现错误！

Answer 4

这将显示更详细的回溯，但不显示行号：

options(error = function() {traceback(2, max.lines=100); if(!interactive()) quit(save="no", status=1, runLast=T)})

Answer 5

在脚本中获取有关错误发生位置的更多信息的一种方法是将R消息重定向到与错误相同的流：

sink(stdout(), type="message")

这样，您可以在同一输出中同时获得消息和错误，这样您就可以看到哪一行引发了错误...