简单的PDB库

时间:2009-04-11 17:27:36

标签: c++ protein-database

我正在寻找一个简单的C ++库,用于从pdb文件中提取原子坐标。我遇到的大多数都是为了满足我的简单需求而做的太多,使它们变得不必要地复杂化。

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

已经,因为我已经使用了任何东西来做这件事,而且我只使用了python库。 (我实际上在罗格斯大学的PDB担任暑期工作)。

我认为你想要使用的是OEChem for C ++(那是开放的眼睛......还有一个python库)。

我记得的另一个python库是pymmlib(Python大分子库)。它也可能适用于C ++,但我认为它是专有软件,因此您需要许可证。

我希望我记得更多...希望这会有所帮助。我不认为会有轻量级的解决方案,除非您想自己编写代码。

答案 1 :(得分:3)

ESBTL(简易结构生物学模板库)(http://esbtl.sourceforge.net/)是一个相当新的库,可能是您的需求的理想选择。它本身非常轻量级(仅限标题),虽然它确实依赖于Boost库,它可能会或不会让你失望。

描述它的论文摘要可以在这里找到:(http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/8/1127.abstract)