Question

我的数据设置如下：

Quote:
HBOND SUMMARY 
output to file HB_lowLyo_D_lipid_A_water_001_064.tbl, 
data was sorted, intra-residue interactions are NOT included, 
Distance cutoff is 4.00 angstroms, angle cutoff is 120.00 degrees 
Hydrogen bond information dumped for occupancies > 0.00 

DONOR ACCEPTORH ACCEPTOR 
atom# res@atom atom# res@atom atom# res@atom %occupied distance angle 
| 4645 58@O12 | 23489 1174@H1 23488 1174@O | 22.79 2.945 ( 0.28) 26.79 (14.41) 
| 4645 58@O12 | 23490 1174@H2 23488 1174@O | 22.49 2.965 ( 0.31) 28.01 (14.47) 
| 2701 34@O12 | 23333 1122@H1 23332 1122@O | 20.60 2.965 ( 0.23) 30.07 (14.18) 
| 2701 34@O12 | 23334 1122@H2 23332 1122@O | 19.74 2.963 ( 0.23) 31.43 (13.88) 
| 271 4@O12 | 23334 1122@H2 23332 1122@O | 19.70 2.825 ( 0.19) 21.92 (12.15) 
| 271 4@O12 | 23333 1122@H1 23332 1122@O | 19.55 2.826 ( 0.19) 22.22 (12.71) 
| 4655 58@O16 | 21156 396@H2 21154 396@O | 19.43 2.933 ( 0.22) 31.95 (15.18) 
| 4658 58@O15 | 21156 396@H2 21154 396@O | 18.96 3.163 ( 0.27) 37.03 (14.63) 
| 4310 54@O26 | 23202 1078@H2 23200 1078@O | 18.73 2.821 ( 0.24) 25.87 (13.92) 
| 4655 58@O16 | 21155 396@H1 21154 396@O | 18.63 2.917 ( 0.22) 31.91 (15.00) 
| 1820 23@O16 | 21167 400@H1 21166 400@O | 18.14 2.910 ( 0.22) 27.20 (13.87) 
| 1820 23@O16 | 21168 400@H2 21166 400@O | 17.96 2.907 ( 0.21) 26.69 (13.86) 
| 3845 48@O16 | 23454 1162@H2 23452 1162@O | 17.68 2.991 ( 0.31) 28.45 (14.88) 
| 4658 58@O15 | 21155 396@H1 21154 396@O | 17.31 3.177 ( 0.27) 38.82 (14.69) 
| 3845 48@O16 | 23453 1162@H1 23452 1162@O | 17.29 3.016 ( 0.32) 28.84 (14.57) 
| 1489 19@O13 | 23201 1078@H1 23200 1078@O | 16.66 2.884 ( 0.23) 31.39 (15.56) 
| 3824 48@O26 | 21099 377@H2 21097 377@O | 15.44 2.992 ( 0.30) 30.78 (15.01) 
| 4253 53@O15 | 23454 1162@H2 23452 1162@O | 14.98 2.961 ( 0.27) 33.71 (15.09) 
| 1459 19@O22 | 23201 1078@H1 23200 1078@O | 14.84 3.012 ( 0.33) 35.08 (16.12) 
| 1081 14@O12 | 21173 402@H1 21172 402@O | 14.76 2.937 ( 0.24) 27.54 (14.26) 
| 4253 53@O15 | 23453 1162@H1 23452 1162@O | 14.63 2.955 ( 0.25) 33.68 (15.11) 
| 1081 14@O12 | 21174 402@H2 21172 402@O | 14.41 2.944 ( 0.25) 28.34 (14.35) 
| 3824 48@O26 | 21098 377@H1 21097 377@O | 13.70 3.002 ( 0.30) 31.00 (15.21) 
| 3845 48@O16 | 21156 396@H2 21154 396@O | 13.06 2.934 ( 0.26) 27.71 (14.05)    
. 
.
.

总计约有40,000行。

我想选择具有条件的行，第3和第6个字段中的数字落在“@”符号前的1-64之间。

我尝试过像这段代码那样的awk

awk '$3 ~ /^[0-9]/ && $6 ~ /^[0-9]/  {print}'  hhHB_LL1000_D_lipid_A_water_001_064.tbl | head

Answer 1

试试这个：

awk '$3 ~ /^[0-9]/ && $6 ~ /^[0-9]/ {
        s3 = gensub(/@.*$/, "", "g", $3)
        s4 = gensub(/@.*$/, "", "g", $6)
        if(+s3 <= 64 && +s4 <= 64) print
}' hhHB_LL1000_D_lipid_A_water_001_064.tbl | head

Answer 2

如果我正确解释您的输入，这些字段应该在[1-64]范围内：

| 4645 58@O12 | 23489 1174@H1 23488 1174@O | 22.79 2.945 ( 0.28) 26.79 (14.41)
       ^              ^
_______|        ______|

据我所知，您发布的内容中没有任何内容存在此行为......

使用此awk脚本：

/^|/{
    split($3, a, "@")
    split($6, b, "@")
    if(a[1] >= 1 && a[1] <= 64 && b[1] >=1 && b[1] <= 64) print
}

如果我在输入中添加一行：

| 3845 48@O16 | 21156 39@H2 21154 396@O | 13.06 2.934 ( 0.26) 27.71 (14.05)
       ^              ^
_______|        ______|

此脚本输出：

$ awk -f digits.awk digits.txt 
| 3845 48@O16 | 21156 39@H2 21154 396@O | 13.06 2.934 ( 0.26) 27.71 (14.05)

从正则表达式中选择数字

2 个答案: