Question

我想在Linux上将几个R库（*）从一个驱动器移动到另一个驱动器，并且想知道一个简单的移动是否可行且安全，或者我是否应该卸载并重新安装这些软件包。我意识到库的位置是通过.libPaths()识别的，并查看了“R安装和管理”手册以了解有关迁移库的信息，但没有看到推荐的过程。

我认为有三种选择：

为所有非基本软件包运行remove.packages()，然后通过install.packages(lib = "/path/to/new/location")重新安装。
使用mv移动库（目录）并使用符号链接指向新位置（最终删除符号链接）
使用Linux中的mv命令批量移动目录并在.Library.site中更新R_HOME/etc/Rprofile.site，如R Installation and Administration manual

选项＃1是生硬的。选项＃2应该有效，但看起来有点不健全。

＃3是安全还是存在严重问题？我发现的问题是：目录权限以及任何包的设置存储绝对路径而不是相对路径的可能性（这似乎是不合理的和不必要的）。

关于绝对路径的存储，我发现rJava将R_HOME的位置存储在名为run的文件中。这不是库本身本身的问题，但它是一个包的一个指示（以及一个好的包）保留绝对路径的私有副本。

（*）有几个库和许多包。当然，只移动库（目录），但包可能会受到影响。

更新1 /澄清：只是为了澄清：我只是迁移库，而不是更改R的版本或软件包的版本。更新R或包可以单独完成，但问题是移动库是否可行。似乎如果有必要更新或重新安装所有软件包以确保正确安装，那么这是一个类似于选项＃1而不是选项＃3的路径。

更新2：another SO post的答案对如何在升级时避免此问题有一些好主意。我不是升级R，但Dirk Eddelbuettel建议不在R的filetree中安装软件包是明智的。

Answer 1

选项＃3（将旧库复制到新库）应该有效...但是当且仅当你运行时：

update.packages(checkBuilt=TRUE)

以这种方式，需要为新版本重建的软件包将得到更新。通常情况下，新版本会增加要求（例如NAMESPACE中2.14.x中即将出现的要求）。

编辑：看到这只是在躺椅上移动......如果您要移动任何基础R装置，我将退出支持＃3。它在Mac上对我有用，但我没有在R安装和管理指南或其工作的R FAQ中看到过这样的承诺。您可以通过以下顺序完成＃1（在各种条件下可能最安全）：

# In original installation, get the non-default package list:
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine. 
# Or just delete their directories.

使用新安装的R版本并将.Libpaths设置为您的首选项（甚至是相同的旧安装）：

load("pkglist.Rdata")
install.packages(save.pkg.list)

如果没有更改R可执行文件，只是将包移动到新库可能会成功（假设您也更改.Libpaths）但我没有Linux安装来测试它或知道配置操作设置的任何指针如何受到影响。

Answer 2

结合接受的答案和this one，我发现了一个更有效的解决方案：

lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
remove.packages(to_install, lib="C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3")
install.packages(pkgs = to_install, lib="C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")

迁移R库

2 个答案: