Question

我正在编写一个bash脚本，用于自动盲目对接（在蛋白质中发现结合位点）。为此，我将较大的3D网格划分为较小的重叠网格。

我创建了三个文件，分别包含子网格中心的x，y和z坐标。换句话说，一个文件包含所有可能的x坐标（每行一个），第二个全部是y坐标，第三个是所有z坐标。坐标有三个小数位，可以是正数或负数。

现在我想找到x，y和z的所有可能组合。对于每个组合，我想创建一个文件夹（称为x1y1z1，x1y2z1，x1y3z1等），其中包含一个文本文件，其中x，y和z坐标对应于该特定组合。

我找到了使用Python的相关问题的解决方案。但是，由于我不熟悉Python并且我已经有一个包含大量变量的大型bash脚本，我想知道是否有一种简单的方法可以用bash或其他任何我可以轻松集成的语言来实现在我现有的bash脚本中。

亲切的问候，

米罗

更新：

这是Matt D指出的解决方案的改编版本（感谢百万）：

for x in $(cat centrex.tmp) ; do
 for y in $(cat centrey.tmp) ; do
  for z in $(cat centrez.tmp) ; do
      xvar=$(expr "$x" : '\(.*\)=.*')
      yvar=$(expr "$y" : '\(.*\)=.*')
      zvar=$(expr "$z" : '\(.*\)=.*')
      folder="${xvar}${yvar}${zvar}"
      mkdir $folder
      echo "center_x = "${x#*=} >> vinapar.conf
      echo "center_y = "${y#*=} >> vinapar.conf
      echo "center_z = "${z#*=} >> vinapar.conf
      cp vinapar.conf $folder/
      rm vinapar.conf
   done
 done
done

这样做的原因是我最终以这种方式格式化了我的centreX.tmp文件：

x00=-15.349
x01=-10.349
x02=-5.349
...

这允许我根据等号（x01y23z09）之前的块命名文件夹，然后创建包含实际坐标的文件。

Answer 1

如果你想要内容的所有组合，这将是一个三重嵌套循环。

#!/bin/bash
for x in $(cat xfile) ; do
  for y in $(cat yfile) ; do
    for z in $(cat zfile) ; do
      filename="$x$y$z"
      mkdir $filename
      # makes a file called xyz in dir xyz with contents "xyz"
      echo $filename > $filename/$filename 
    done
  done
done

修改：此表单将使用read（尚未测试）

#!/bin/bash
while read x ; do
  while read y ; do
    while read z ; do
      filename="$x$y$z"
      mkdir $filename
      # makes a file called xyz in dir xyz with contents "xyz"
      echo $filename > $filename/$filename 
    done < zfile
  done < yfile
done < xfile

x，y和z坐标的组合（存储在三个不同的文件中）

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