Question

我有SNP数据和gen列表数据。当我与gen列表比较时，我正在寻找SNP cotain在gen列表数据中的位置。例如：

SNP数据：

Pos_start pos_end 
14185     14185      
....      .....

gen列表数据：

5"side(pos_start)  3"sile(pos_end)
  1                  1527      
  1920               1777 
  ....               .....

结果：SNP的位置14185包含在gen列表的16185位置。

以下是我的代码，但在排序数量方面存在一些问题。

   #!/usr/bin/perl -w

   open(POS1,"<posi1.txt"); (I collect two data and save with posi1.txt) 
    @posi1=<POS1>;
   open(list,">list.txt");
   @list1=@posi1;
   @list2= sort num_last (@list1);
   $list2 = join( '', @list2);

   print $list2;
   print list $list2."\n\n";
   close(list);
  sub num_last {
my ($num_a, $num_b);
$num_a=$a=~ /＾[0-9]/;
$num_b=$b=~ /＾[0-9]/;
if ($num_a && $num_b){
    return $a<=>$b;
} elsif ($num_a){
    return 1;
} elsif ($num_b){
    return -1;
} else {
    return $a cmp $b;
}
      }

如果你能给出一些指示，我将不胜感激。

Answer 1

首先，您的sort子对您传递的值不起作用。它应该像

sub num_last {
    my ($num_a, $num_b);
    my ($a,$b) = @_;
    ....
}

然而，如果字符串从数字开始，那么您实际上只能获得字符串中的第一个数字。为了以防万一，最好添加跳过所有前导空格。

($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/; ($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/;

\d+相当于[0-9]+，但两个字符更短:)。大括号强制list context，$num_a和$num_b会收到第一个匹配组的内容：(\d+)。

然而，您不需要<=> opertor，因为$num_a和$num_b应该是字符串，因此您可以将条件简化为：

if (!$num_a) return -1; if (!$num_b) return 1; return $a cmp $b;

不确定，但它可能就像return $a cmp $b一样简单，但我不确定空var是否比非空字符串更小而且指尖没有perl。所以，最终的num_last函数：

sub num_last{ my ($num_a, $num_b); my ($a,$b) = @_; ($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/; ($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/; if (!$num_a) return -1; if (!$num_b) return 1; return $a cmp $b; }

如果您需要反向排序，只需将my ($a,$b) = @_;替换为my ($b,$a) = @_;
即可
而且，我在没有任何编译器帮助的情况下编写它，因此可能会有一些小错误。

在gen列表中找到SNP的位置

1 个答案: