应用错误收集

您好我正在尝试通过导入命令模块在python中执行bash命令。我想我之前问过同样的问题。但是这次它不起作用。脚本如下：

＃！的/ usr / bin中/ Python的

import os,sys
import commands
import glob

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    fullpath = os.path.join(path,bamfile)
    txtfile = commands.getoutput('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
    line=txtfile.readlines()
    print line

这个samtools视图将产生（我认为）.txt文件

我收到了错误：

Traceback (most recent call last):
  File "./try.py", line 12, in ?
    txtfile = commands.getoutput('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
  File "/usr/lib64/python2.4/commands.py", line 44, in getoutput
    return getstatusoutput(cmd)[1]
  File "/usr/lib64/python2.4/commands.py", line 54, in getstatusoutput
    text = pipe.read()
SystemError: Objects/stringobject.c:3518: bad argument to internal function

似乎是command.getoutput

的问题

由于

我建议使用subprocess

从命令文档：

自2.6版以来不推荐使用：在Python 3.0中删除了命令模块。请改用子进程模块。

更新：刚刚意识到你正在使用Python 2.4。执行命令的简单方法是os.system()

快速谷歌搜索“SystemError：Objects / stringobject.c：3518：内部函数的错误参数”会显示几个错误报告。例如https://www.mercurial-scm.org/bts/issue1225和http://www.modpython.org/pipermail/mod_python/2007-June/023852.html。 Fedora与Python 2.4结合使用似乎是一个问题，但我对此并不十分肯定。我建议您遵循Michael的建议并使用os.system或os.popen来完成此任务。为此，您的代码中的更改将是：

import os,sys
import glob

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    fullpath = os.path.join(path,bamfile)
    txtfile = os.popen('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
    line=txtfile.readlines()
    print line

命令模块问题

2 个答案: